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タイトルImmunization with germ line-targeting SOSIP trimers elicits broadly neutralizing antibody precursors in infant macaques.
ジャーナル・号・ページSci Immunol, Vol. 9, Issue 98, Page eadm7097, Year 2024
掲載日2024年8月30日
著者Ashley N Nelson / Xiaoying Shen / Sravani Vekatayogi / Shiyu Zhang / Gabriel Ozorowski / Maria Dennis / Leigh M Sewall / Emma Milligan / Dominique Davis / Kaitlyn A Cross / Yue Chen / Jelle van Schooten / Joshua Eudailey / John Isaac / Saad Memon / Carolyn Weinbaum / Hongmei Gao / Sherry Stanfield-Oakley / Alliyah Byrd / Suni Chutkan / Stella Berendam / Kenneth Cronin / Anila Yasmeen / S Alam / Celia C LaBranche / Kenneth Rogers / Lisa Shirreff / Albert Cupo / Ronald Derking / Francois Villinger / Per Johan Klasse / Guido Ferrari / Wilton B Williams / Michael G Hudgens / Andrew B Ward / David C Montefiori / Koen K A Van Rompay / Kevin Wiehe / John P Moore / Rogier W Sanders / Kristina De Paris / Sallie R Permar /
PubMed 要旨Adolescents are a growing population of people living with HIV. The period between weaning and sexual debut presents a low-risk window for HIV acquisition, making early childhood an ideal time for ...Adolescents are a growing population of people living with HIV. The period between weaning and sexual debut presents a low-risk window for HIV acquisition, making early childhood an ideal time for implementing an immunization regimen. Because the elicitation of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) is critical for an effective HIV vaccine, our goal was to assess the ability of a bnAb B cell lineage-designed HIV envelope SOSIP (protein stabilized by a disulfide bond between gp120-gp41-named "SOS"-and an isoleucine-to-proline point mutation-named "IP"-at residue 559) to induce precursor CD4 binding site (CD4bs)-targeting bnAbs in early life. Infant rhesus macaques received either a BG505 SOSIP, based on the infant BG505 transmitted/founder virus, or the CD4bs germ line-targeting BG505 SOSIP GT1.1 ( = 5 per group). Although both strategies induced durable, high-magnitude plasma autologous virus neutralization responses, only GT1.1-immunized infants ( = 3 of 5) exhibited VRC01-like CD4bs bnAb precursor development. Thus, a multidose immunization regimen with bnAb lineage-designed SOSIPs shows promise for inducing early B cell responses with the potential to mature into protective HIV bnAbs before sexual debut.
リンクSci Immunol / PubMed:39213340
手法EM (単粒子)
解像度25.0 - 30.0 Å
構造データ

EMDB-41869: BG505.664 SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8131 (gp120 glycan hole, gp41 glycan hole/fusion peptide and trimer base epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-41870: BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8131 (gp120-gp120 interface epitope)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-41871: BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8147 (C3/V5, V1/V2/V3 apex, gp41 glycan hole/fusion peptide and trimer base epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-41872: BG505.664 Env SOSIP in complex with polyclonal antibodies from NHP 8147 (gp120 glycan hole epitope)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-41972: GT1.1 SOSIP in complex with wk39 polyclonal antibodies from NHP A12N030 (CD4bs, C3V5 and base epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-41973: GT1.1 SOSIP in complex with wk39 polyclonal antibodies from NHP A12N030 (gp41GH/FP and base epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-41974: GT1.1 SOSIP in complex with wk39 polyclonal antibodies from NHP DC8G (gp41GH/FP and gp120GH epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-41975: GT1.1 SOSIP in complex with wk39 polyclonal antibodies from NHP DC8G (gp120GH and base epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-41976: GT1.1 SOSIP in complex with wk39 polyclonal antibodies from NHP DC8G (V1V2V3 and gp120GH epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

EMDB-41977: GT1.1 SOSIP-CC2 in complex with wk80 polyclonal antibodies from NHP 8229 (V1V2V3, C3V5, CD4bs, gp41GH/FP and base epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-41978: GT1.1 SOSIP-CC2 in complex with wk80 polyclonal antibodies from NHP 8239 (gp120GH, gp41GH/FP, CD4bs, and base epitopes)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Macaca (オナガザル)
  • Macaca mulatta (アカゲザル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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