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Structure paper

タイトルA generalizable scaffold-based approach for structure determination of RNAs by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 51, Issue 20, Page e100, Year 2023
掲載日2023年11月10日
著者Conner J Langeberg / Jeffrey S Kieft /
PubMed 要旨Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) can reveal the structures of large and often dynamic molecules, but smaller biomolecules (≤50 kDa) remain challenging targets due to their ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) can reveal the structures of large and often dynamic molecules, but smaller biomolecules (≤50 kDa) remain challenging targets due to their intrinsic low signal to noise ratio. Methods to help resolve small proteins have been applied but development of similar approaches to aid in structural determination of small, structured RNA elements have lagged. Here, we present a scaffold-based approach that we used to recover maps of sub-25 kDa RNA domains to 4.5-5.0 Å. While lacking the detail of true high-resolution maps, these maps are suitable for model building and preliminary structure determination. We demonstrate this method helped faithfully recover the structure of several RNA elements of known structure, and that it promises to be generalized to other RNAs without disturbing their native fold. This approach may streamline the sample preparation process and reduce the optimization required for data collection. This first-generation scaffold approach provides a robust system to aid in RNA structure determination by cryo-EM and lays the groundwork for further scaffold optimization to achieve higher resolution.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:37791881 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.44 - 3.46 Å
構造データ

41308

8tjq

EMDB-41308, PDB-8tjq:
Tetrahymena Ribozyme scaffolded Zika Virus xrRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

41311

8tju

EMDB-41311, PDB-8tju:
Tetrahymena Ribozyme scaffolded TABV xrRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

41312

8tjv

EMDB-41312, PDB-8tjv:
Tetrahymena Ribozyme scaffolded Fluoride riboswitch
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

41313

8tjx

EMDB-41313, PDB-8tjx:
Tetrahymena Ribozyme cryo-EM scaffold
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-F:
FLUORIDE ION / フルオリド

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

由来
  • tetrahymena (真核生物)
  • zika virus (ジカ熱ウイルス)
  • tamana bat virus (ウイルス)
  • thermotoga petrophila (バクテリア)
キーワードRNA / Ribozyme / xrRNA / Scaffold

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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