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タイトルThe incredible bulk: Human cytomegalovirus tegument architectures uncovered by AI-empowered cryo-EM.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 8, Page eadj1640, Year 2024
掲載日2024年2月23日
著者Jonathan Jih / Yun-Tao Liu / Wei Liu / Z Hong Zhou /
PubMed 要旨The compartmentalization of eukaryotic cells presents considerable challenges to the herpesvirus life cycle. The herpesvirus tegument, a bulky proteinaceous aggregate sandwiched between ...The compartmentalization of eukaryotic cells presents considerable challenges to the herpesvirus life cycle. The herpesvirus tegument, a bulky proteinaceous aggregate sandwiched between herpesviruses' capsid and envelope, is uniquely evolved to address these challenges, yet tegument structure and organization remain poorly characterized. We use deep-learning-enhanced cryogenic electron microscopy to investigate the tegument of human cytomegalovirus virions and noninfectious enveloped particles (NIEPs; a genome packaging-aborted state), revealing a portal-biased tegumentation scheme. We resolve atomic structures of portal vertex-associated tegument (PVAT) and identify multiple configurations of PVAT arising from layered reorganization of pUL77, pUL48 (large tegument protein), and pUL47 (inner tegument protein) assemblies. Analyses show that pUL77 seals the last-packaged viral genome end through electrostatic interactions, pUL77 and pUL48 harbor a head-linker-capsid-binding motif conducive to PVAT reconfiguration, and pUL47/48 dimers form 45-nm-long filaments extending from the portal vertex. These results provide a structural framework for understanding how herpesvirus tegument facilitates and evolves during processes spanning viral genome packaging to delivery.
リンクSci Adv / PubMed:38394211 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.02 - 10.88 Å
構造データ

41194

8tep

EMDB-41194, PDB-8tep:
Human cytomegalovirus portal vertex, virion configuration 1 (VC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

41200

8tes

EMDB-41200, PDB-8tes:
Human cytomegalovirus portal vertex, virion configuration 2 (VC2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

41201

8tet

EMDB-41201, PDB-8tet:
Human cytomegalovirus portal vertex, non-infectious enveloped particle (NIEP) configuration 1 (NC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.26 Å

41202

8teu

EMDB-41202, PDB-8teu:
Human cytomegalovirus portal vertex, non-infectious enveloped particle (NIEP) configuration 2 - inverted (NC2-inv)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.01 Å

41204

8tew

EMDB-41204, PDB-8tew:
Human cytomegalovirus penton vertex, CVSC-bound configuration
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-41206: Human cytomegalovirus portal vertex, non-infectious enveloped particle (NIEP) configuration 2 (NC2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.29 Å

EMDB-41213: Human cytomegalovirus portal vertex-resolved capsid, virion configuration 1 (VC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.88 Å

EMDB-41214: Human cytomegalovirus portal vertex-resolved capsid, virion configuration 2 (VC2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.88 Å

EMDB-41215: Human cytomegalovirus portal vertex-resolved capsid, non-infectious enveloped particle (NIEP) configuration 1 (NC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.44 Å

EMDB-41216: Human cytomegalovirus portal vertex-resolved capsid, non-infectious enveloped particle (NIEP) configuration 2 - inverted (NC2-inv)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.44 Å

由来
  • human herpesvirus 5 strain ad169 (ヘルペスウイルス)
キーワードVIRUS / tegument / portal / DNA packaging / intracellular transport / penton / CVSC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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