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タイトルHow Dedicated Ribosomes Translate a Leaderless mRNA.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 436, Issue 4, Page 168423, Year 2024
掲載日2024年2月15日
著者Francisco J Acosta-Reyes / Sayan Bhattacharjee / Max Gottesman / Joachim Frank /
PubMed 要旨In bacteriophage λ lysogens, the λcI repressor is encoded by the leaderless transcript (lmRNA) initiated at the λpRM promoter. Translation is enhanced in rpsB mutants deficient in ribosomal ...In bacteriophage λ lysogens, the λcI repressor is encoded by the leaderless transcript (lmRNA) initiated at the λpRM promoter. Translation is enhanced in rpsB mutants deficient in ribosomal protein uS2. Although translation initiation of lmRNA is conserved in bacteria, archaea, and eukaryotes, structural insight of a lmRNA translation initiation complex is missing. Here, we use cryo-EM to solve the structures of the uS2-deficient 70S ribosome of host E. coli mutant rpsB11 and the wild-type 70S complex with λcI lmRNA and fMet-tRNA. Importantly, the uS2-deficient 70S ribosome also lacks protein bS21. The anti-Shine-Dalgarno (aSD) region is structurally supported by bS21, so that the absence of the latter causes the aSD to divert from the normal mRNA exit pathway, easing the exit of lmRNA. A π-stacking interaction between the monitor base A1493 and A(+4) of lmRNA potentially acts as a recognition signal. Coulomb charge flow, along with peristalsis-like dynamics within the mRNA entrance channel due to the increased 30S head rotation caused by the absence of uS2, are likely to facilitate the propagation of lmRNA through the ribosome. These findings lay the groundwork for future research on the mechanism of translation and the co-evolution of lmRNA and mRNA that includes the emergence of a defined ribosome-binding site of the transcript.
リンクJ Mol Biol / PubMed:38185325 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.3 Å
構造データ

41049

8t5d

EMDB-41049, PDB-8t5d:
Cryo-EM studies of the interplay between uS2 ribosomal protein and leaderless mRNA during bacterial translation initiation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

41050

8t5h

EMDB-41050, PDB-8t5h:
Cryo-EM studies of the interplay between uS2 ribosomal protein and leaderless mRNA during bacterial translation initiation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • bacteriophage sp. (ファージ)
キーワードRIBOSOME / leaderless mRNA / Cryo-EM / 70S / HflX / bS21 / uS2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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