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タイトルCEP104/FAP256 and associated cap complex maintain stability of the ciliary tip.
ジャーナル・号・ページJ Cell Biol, Vol. 222, Issue 11, Year 2023
掲載日2023年11月6日
著者Thibault Legal / Mireya Parra / Maxwell Tong / Corbin S Black / Ewa Joachimiak / Melissa Valente-Paterno / Karl Lechtreck / Jacek Gaertig / Khanh Huy Bui /
PubMed 要旨Cilia are essential organelles that protrude from the cell body. Cilia are made of a microtubule-based structure called the axoneme. In most types of cilia, the ciliary tip is distinct from the rest ...Cilia are essential organelles that protrude from the cell body. Cilia are made of a microtubule-based structure called the axoneme. In most types of cilia, the ciliary tip is distinct from the rest of the cilium. Here, we used cryo-electron tomography and subtomogram averaging to obtain the structure of the ciliary tip of the ciliate Tetrahymena thermophila. We show that the microtubules at the tip are highly crosslinked with each other and stabilized by luminal proteins, plugs, and cap proteins at the plus ends. In the tip region, the central pair lacks typical projections and twists significantly. By analyzing cells lacking a ciliary tip-enriched protein CEP104/FAP256 by cryo-electron tomography and proteomics, we discovered candidates for the central pair cap complex and explained the potential functions of CEP104/FAP256. These data provide new insights into the function of the ciliary tip and the mechanisms of ciliary assembly and length regulation.
リンクJ Cell Biol / PubMed:37756660 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度9.0 - 130.0 Å
構造データ

EMDB-40891: Main central pair structure
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 22.6 Å

EMDB-40892: Ciliary cap complex from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 130.0 Å

EMDB-40894: Singlet A-tubule from Tetrahymena thermophila
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.1 Å

EMDB-40896: Tip central pair consensus map from Tetrahymena thermophila cilia
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.6 Å

EMDB-40897: C1 refinement of the tip central pair subtomogram average
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.0 Å

EMDB-40898: C1 MAPS refinement of ciliary tip central pair subtomogram average
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.4 Å

EMDB-40899: C2 refinement of ciliary tip central pair subtomogram average
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.1 Å

EMDB-40900: C2 MAPs refinement of ciliary tip central pair subtomogram average
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 9.2 Å

EMDB-40909: Ciliary tip central pair map of FAP256-KO Tetrahymena thermophila (consensus map)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.8 Å

EMDB-40910: Ciliary tip central pair map of FAP256-KO Tetrahymena thermophila (C1 refinement)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.7 Å

EMDB-40911: Ciliary tip central pair map of FAP256-KO Tetrahymena thermophila (C2 refinement)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.4 Å

EMDB-40912: Ciliary tip central pair map of FAP256-KO Tetrahymena thermophila (composite map)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.7 Å

EMDB-40913: Ciliary tip tomogram of Tetrahymena thermophila
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Tetrahymena thermophila (真核生物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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