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Structure paper

タイトルStructure of the - respiratory supercomplex from .
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 40, Page e2307093120, Year 2023
掲載日2023年10月3日
著者Justin M Di Trani / Andreea A Gheorghita / Madison Turner / Peter Brzezinski / Pia Ädelroth / Siavash Vahidi / P Lynne Howell / John L Rubinstein /
PubMed 要旨Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that ...Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that enables ATP synthesis and membrane transport. These protein complexes can also form higher order assemblies known as respiratory supercomplexes (SCs). The electron transport chain of the opportunistic pathogen is closely linked with its ability to invade host tissue, tolerate harsh conditions, and resist antibiotics but is poorly characterized. Here, we determine the structure of a SC that forms between the quinol:cytochrome oxidoreductase (cytochrome ) and one of the organism's terminal oxidases, cytochrome , which is found only in some bacteria. Remarkably, the SC structure also includes two intermediate electron carriers: a diheme cytochrome and a single heme cytochrome . Together, these proteins allow electron transfer from ubiquinol in cytochrome to oxygen in cytochrome . We also present evidence that different isoforms of cytochrome can participate in formation of this SC without changing the overall SC architecture. Incorporating these different subunit isoforms into the SC would allow the bacterium to adapt to different environmental conditions. Bioinformatic analysis focusing on structural motifs in the SC suggests that cytochrome - SCs also exist in other bacterial pathogens.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:37751552 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 3.0 Å
構造データ

EMDB-40601, PDB-8smr:
cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-40625, PDB-8snh:
cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-40626: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-40627: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined cytochrome cbb3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-40637: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in b state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-40638: cytochrome bc1 complex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined bc1 monomer with Rieske head domain in c state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-40643: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined cytochrome cbb3 with CcoP1 isoform)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-40645: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa (Locally refined cytochrome cbb3 with CcoP2 isoform)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-I7Y:
(2R)-2-(methoxymethyl)-4-{[(25R)-spirost-5-en-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Electron transport chain / Supercomplex / Pseudomonas aeruginosa

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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