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タイトルTMPRSS2 and glycan receptors synergistically facilitate coronavirus entry.
ジャーナル・号・ページCell, Year 2024
掲載日2024年6月21日
著者Haofeng Wang / Xiaoce Liu / Xiang Zhang / Zhuoqian Zhao / Yuchi Lu / Dingzhe Pu / Zeyang Zhang / Jie Chen / Yajie Wang / Mengfei Li / Xuxue Dong / Yinkai Duan / Yujia He / Qiyu Mao / Hangtian Guo / Haoran Sun / Yihan Zhou / Qi Yang / Yan Gao / Xiuna Yang / Hongzhi Cao / Luke Guddat / Lei Sun / Zihe Rao / Haitao Yang /
PubMed 要旨The entry of coronaviruses is initiated by spike recognition of host cellular receptors, involving proteinaceous and/or glycan receptors. Recently, TMPRSS2 was identified as the proteinaceous ...The entry of coronaviruses is initiated by spike recognition of host cellular receptors, involving proteinaceous and/or glycan receptors. Recently, TMPRSS2 was identified as the proteinaceous receptor for HCoV-HKU1 alongside sialoglycan as a glycan receptor. However, the underlying mechanisms for viral entry remain unknown. Here, we investigated the HCoV-HKU1C spike in the inactive, glycan-activated, and functionally anchored states, revealing that sialoglycan binding induces a conformational change of the NTD and promotes the neighboring RBD of the spike to open for TMPRSS2 recognition, exhibiting a synergistic mechanism for the entry of HCoV-HKU1. The RBD of HCoV-HKU1 features an insertion subdomain that recognizes TMPRSS2 through three previously undiscovered interfaces. Furthermore, structural investigation of HCoV-HKU1A in combination with mutagenesis and binding assays confirms a conserved receptor recognition pattern adopted by HCoV-HKU1. These studies advance our understanding of the complex viral-host interactions during entry, laying the groundwork for developing new therapeutics against coronavirus-associated diseases.
リンクCell / PubMed:38964329
手法EM (単粒子)
解像度2.95 - 3.65 Å
構造データ

EMDB-39025, PDB-8y7x:
Structure of HCoV-HKU1A spike in the functionally anchored-3up conformation with 3TMPRSS2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-39026, PDB-8y7y:
Local structure of HCoV-HKU1A spike in complex with TMPRSS2 and glycan
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

EMDB-39036, PDB-8y87:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-1up conformation with 1TMPRSS2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-39037, PDB-8y88:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-2up conformation with 2TMPRSS2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-39038, PDB-8y89:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-3up conformation with 2TMPRSS2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-39039, PDB-8y8a:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the functionally anchored-3up conformation with 3TMPRSS2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-39040, PDB-8y8b:
Local structure of HCoV-HKU1C spike in complex with TMPRSS2 and glycan
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

EMDB-39041, PDB-8y8c:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the inactive-closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-39042, PDB-8y8d:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the inactive-1up conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

EMDB-39043, PDB-8y8e:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the inactive-2up conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

EMDB-39044, PDB-8y8f:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the glycan-activated-closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-39045, PDB-8y8g:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the glycan-activated-1up conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-39046, PDB-8y8h:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the glycan-activated-2up conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

EMDB-39047, PDB-8y8i:
Structure of HCoV-HKU1C spike in the glycan-activated-3up conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-39048, PDB-8y8j:
Local structure of HCoV-HKU1C spike in complex with glycan
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-MJJ:
methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid

由来
  • human coronavirus hku1 (ウイルス)
  • human coronavirus hku1 (isolate n1) (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • human coronavirus hku1 (isolate n5) (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / HKU1A / spike / TMPRSS2 / HKU1C

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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