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Structure paper

タイトルCryo-EM structure and functional analysis of the chromatin remodeler RSF.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr F Struct Biol Commun, Vol. 80, Issue Pt 6, Page 125-134, Year 2024
掲載日2024年6月1日
著者Jiale Zhang / Heyu Zhao / Binqian Zou / Huadong Li / Shuqi Dong / Jiali Guan / Chi Wang / Weijie Li / Yutong Liu / Yingying Chen / Nadia Rasheed / Jun He /
PubMed 要旨The RSF complex belongs to the ISWI chromatin-remodeling family and is composed of two subunits: RSF1 (remodeling and spacing factor 1) and SNF2h (sucrose nonfermenting protein 2 homolog). The RSF ...The RSF complex belongs to the ISWI chromatin-remodeling family and is composed of two subunits: RSF1 (remodeling and spacing factor 1) and SNF2h (sucrose nonfermenting protein 2 homolog). The RSF complex participates in nucleosome spacing and assembly, and subsequently promotes nucleosome maturation. Although SNF2h has been extensively studied in the last few years, the structural and functional properties of the remodeler RSF1 still remain vague. Here, a cryo-EM structure of the RSF-nucleosome complex is reported. The 3D model shows a two-lobe architecture of RSF, and the structure of the RSF-nucleosome (flanked with linker DNA) complex shows that the RSF complex moves the DNA away from the histone octamer surface at the DNA-entry point. Additionally, a nucleosome-sliding assay and a restriction-enzyme accessibility assay show that the RSF1 subunit may cause changes in the chromatin-remodeling properties of SNF2h. As a `nucleosome ruler', the results of an RSF-dinucleosome binding affinity test led to the proposal that the critical distance that RSF `measures' between two nucleosomes is about 24 base pairs.
リンクActa Crystallogr F Struct Biol Commun / PubMed:38818823 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.91 - 7.4 Å
構造データ

EMDB-38860: structure of RSF-147bp NCP complex Class 0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.08 Å

EMDB-38861: Structure of RSF-147bpNCP complex class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.1 Å

EMDB-38864: RSF-38N38NCP complex Class0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.91 Å

EMDB-38865: RSF-38N38NCP complex Class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

由来
  • Heardaxius (甲殻類)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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