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タイトルCryo-electron tomography reveals the packaging pattern of RuBisCOs in Synechococcus β-carboxysome.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 32, Issue 8, Page 1110-11120.e4, Year 2024
掲載日2024年8月8日
著者Wen-Wen Kong / Yun Zhu / Heng-Rui Zhao / Kang Du / Rui-Qian Zhou / Bo Li / Feng Yang / Pu Hou / Xia-He Huang / Yuxing Chen / Ying-Chun Wang / Fei Sun / Yong-Liang Jiang / Cong-Zhao Zhou /
PubMed 要旨Carboxysomes are large self-assembled microcompartments that serve as the central machinery of a CO-concentrating mechanism (CCM). Biogenesis of carboxysome requires the fine organization of ...Carboxysomes are large self-assembled microcompartments that serve as the central machinery of a CO-concentrating mechanism (CCM). Biogenesis of carboxysome requires the fine organization of thousands of individual proteins; however, the packaging pattern of internal RuBisCOs remains largely unknown. Here we purified the intact β-carboxysomes from Synechococcus elongatus PCC 7942 and identified the protein components by mass spectrometry. Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging revealed the general organization pattern of internal RuBisCOs, in which the adjacent RuBisCOs are mainly arranged in three distinct manners: head-to-head, head-to-side, and side-by-side. The RuBisCOs in the outermost layer are regularly aligned along the shell, the majority of which directly interact with the shell. Moreover, statistical analysis enabled us to propose an ideal packaging model of RuBisCOs in the β-carboxysome. These results provide new insights into the biogenesis of β-carboxysomes and also advance our understanding of the efficient carbon fixation functionality of carboxysomes.
リンクStructure / PubMed:38823379
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度3.9 - 8.4 Å
構造データ

37727

8wpz

EMDB-37727: Cryo-ET structure of RuBisCO from 3.9 angstroms Synechococcus elongatus PCC 7942
PDB-8wpz: Cryo-ET structure of RuBisCO at 3.9 angstroms from Synechococcus elongatus PCC 7942
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-37728: Cryo-ET map of RuBisCO at 4.4 angstroms from Synechococcus elongatus PCC 7942 beta-carboxysome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-37729: Cryo-ET map of RuBisCO-SSUL at 5.9 angstroms from Synechococcus elongatus PCC 7942 beta-carboxysome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 5.9 Å

EMDB-37730: Cryo-ET map of RuBisCO at the outermost layer that is loosely attached to the shell of Synechococcus elongatus PCC 7942 beta-carboxysome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.4 Å

EMDB-37731: Cryo-ET map of RuBisCO at the outermost layer that is tightly attached to the shell of Synechococcus elongatus PCC 7942 beta-carboxysome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

由来
  • Synechococcus elongatus (strain ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア)
  • synechococcus elongatus pcc 7942 = fachb-805 (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / carboxysome / RuBisCO / cryo-et

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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