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Structure paper

タイトルStructural insights into human organic cation transporter 1 transport and inhibition.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 10, Issue 1, Page 30, Year 2024
掲載日2024年3月15日
著者Shuhao Zhang / Angqi Zhu / Fang Kong / Jianan Chen / Baoliang Lan / Guodong He / Kaixuan Gao / Lili Cheng / Xiaoou Sun / Chuangye Yan / Ligong Chen / Xiangyu Liu /
PubMed 要旨The human organic cation transporter 1 (hOCT1), also known as SLC22A1, is integral to hepatic uptake of structurally diversified endogenous and exogenous organic cations, influencing both metabolism ...The human organic cation transporter 1 (hOCT1), also known as SLC22A1, is integral to hepatic uptake of structurally diversified endogenous and exogenous organic cations, influencing both metabolism and drug pharmacokinetics. hOCT1 has been implicated in the therapeutic dynamics of many drugs, making interactions with hOCT1 a key consideration in novel drug development and drug-drug interactions. Notably, metformin, the frontline medication for type 2 diabetes, is a prominent hOCT1 substrate. Conversely, hOCT1 can be inhibited by agents such as spironolactone, a steroid analog inhibitor of the aldosterone receptor, necessitating a deep understanding of hOCT1-drug interactions in the development of new pharmacological treatments. Despite extensive study, specifics of hOCT1 transport and inhibition mechanisms remain elusive at the molecular level. Here, we present cryo-electron microscopy structures of the hOCT1-metformin complex in three distinct conformational states - outward open, outward occluded, and inward occluded as well as substrate-free hOCT1 in both partially and fully open states. We also present hOCT1 in complex with spironolactone in both outward and inward facing conformations. These structures provide atomic-level insights into the dynamic metformin transfer process via hOCT1 and the mechanism by which spironolactone inhibits it. Additionally, we identify a 'YER' motif critical for the conformational flexibility of hOCT1 and likely other SLC22 family transporters. Our findings significantly advance the understanding of hOCT1 molecular function and offer a foundational framework for the design of new therapeutic agents targeting this transporter.
リンクCell Discov / PubMed:38485705 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.98 - 4.14 Å
構造データ

EMDB-36651, PDB-8jts:
hOCT1 in complex with metformin in outward open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

EMDB-36652, PDB-8jtt:
hOCT1 in complex with metformin in outward occluded conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.87 Å

EMDB-36653, PDB-8jtv:
hOCT1 in complex with metformin in inward occluded conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.77 Å

EMDB-36654, PDB-8jtw:
hOCT1 in complex with nb5660 in inward facing partially open 1 conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-36655, PDB-8jtx:
hOCT1 in complex with nb5660 in inward facing fully open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-36656, PDB-8jty:
hOCT1 in complex with nb5660 in inward facing partially open 2 conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-36657, PDB-8jtz:
hOCT1 in complex with spironolactone in outward facing partially occluded conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

EMDB-36658, PDB-8ju0:
hOCT1 in complex with spironolactone in inward facing occluded conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

化合物

ChemComp-MF8:
Metformin / メトホルミン / 薬剤*YM / メトホルミン

ChemComp-SNL:
SPIRONOLACTONE / スピロノラクトン / 薬剤*YM / スピロノラクトン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / SLC / transporter (運搬体タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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