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Structure paper

タイトルInitiation factor 3 bound to the 30S ribosomal subunit in an initial step of translation.
ジャーナル・号・ページProteins, Year 2023
掲載日2023年12月26日
著者Adwaith B Uday / Rishi Kumar Mishra / Tanweer Hussain /
PubMed 要旨Bacterial ribosomes require three initiation factors IF1, IF2, and IF3 during the initial steps of translation. These IFs ensure correct base pairing of the initiator tRNA anticodon with the start ...Bacterial ribosomes require three initiation factors IF1, IF2, and IF3 during the initial steps of translation. These IFs ensure correct base pairing of the initiator tRNA anticodon with the start codon in the mRNA located at the P-site of the 30S ribosomal subunit. IF3 is one of the first IFs to bind to the 30S and plays a crucial role in the selection of the correct start codon and codon: anticodon base pairing. IF3 also prevents the premature association of the 50S subunit of ribosomes and aids in ribosome recycling. IF3 is reported to change binding sites and conformation to ensure translation initiation fidelity. A recent study suggested an initial binding of IF3 CTD away from the P-site and that IF1 and IF2 promote the movement of CTD to the P-site and concomitant movement of NTD. Hence, to visualize the position of IF3 in the absence of any other IFs, we determined cryo-EM structure of the 30S-IF3 complex. The map shows that IF3 is present in an extended conformation with CTD present at the P-site and NTD near the platform even in the absence of IF1 and IF2. Hence, IF3 CTD binds at the P-site and moves away during the accommodation of the initiator tRNA at the P-site in the later steps of translation initiation. Overall, we report the structure of 30S-IF3 which demystifies the starting binding site and conformation of IF3 on the 30S ribosomal subunit.
リンクProteins / PubMed:38148682
手法EM (単粒子)
解像度4.4 - 4.6 Å
構造データ

36619

8jsg

EMDB-36619, PDB-8jsg:
Structure of the 30S-IF3 complex from Escherichia coli
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

36620

8jsh

EMDB-36620, PDB-8jsh:
Structure of the 30S-body-IF3 complex from Escherichia coli
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSLATION / Ribosome / 30S / IF3 / Translation initiation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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