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タイトルStructural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 8164, Year 2023
掲載日2023年12月9日
著者Songhao Zhao / Lili Shen / Xiaoyi Li / Qiushuang Tao / Zhenhua Li / Caizhe Xu / Cuicui Zhou / Yanyan Yang / Min Sang / Guangye Han / Long-Jiang Yu / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
PubMed 要旨Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific ...Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific fucoxanthin chlorophyll-binding proteins (FCPs) to enhance the blue-green light absorption under water. We purified a photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex and a trimeric FCP from Cyclotella meneghiniana (Cm) and solved their structures by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structures reveal detailed organizations of monomeric, dimeric and trimeric FCP antennae, as well as distinct assemblies of Lhcx6_1 and dimeric FCPII-H in PSII core. Each Cm-PSII-FCPII monomer contains an Lhcx6_1, an FCP heterodimer and other three FCP monomers, which form an efficient pigment network for harvesting energy. More diadinoxanthins and diatoxanthins are found in FCPs, which may function to quench excess energy. The trimeric FCP contains more chlorophylls c and fucoxanthins. These diversified FCPs and PSII-FCPII provide a structural basis for efficient light energy harvesting, transfer, and dissipation in C. meneghiniana.
リンクNat Commun / PubMed:38071196 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.72 - 3.48 Å
構造データ

35987

8j5k

EMDB-35987, PDB-8j5k:
Structural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

36054

8j7z

EMDB-36054, PDB-8j7z:
Structure of FCP trimer in Cyclotella meneghiniana
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

37267

8w4o

EMDB-37267, PDB-8w4o:
Structure of PSII-FCPII-G/H complex in the PSII-FCPII supercomplex from Cyclotella meneghiniana
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

37268

8w4p

EMDB-37268, PDB-8w4p:
Structure of PSII-FCPII-I/J/K complex in the PSII-FCPII supercomplex from Cyclotella meneghiniana
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

化合物

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-A86:
(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-

ChemComp-ET4:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / ジアトキサンチン

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

由来
  • stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSII-FCPII supercomplex / Cm-FCP-trimer / PSII-FCPII

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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