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タイトルTransport mechanism of presynaptic high-affinity choline uptake by CHT1.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 4, Page 701-709, Year 2024
掲載日2024年4月8日
著者Yunlong Qiu / Yiwei Gao / Bo Huang / Qinru Bai / Yan Zhao /
PubMed 要旨Choline is a vital nutrient and a precursor for the biosynthesis of essential metabolites, including acetylcholine (ACh), that play a central role in fetal development, especially in the brain. In ...Choline is a vital nutrient and a precursor for the biosynthesis of essential metabolites, including acetylcholine (ACh), that play a central role in fetal development, especially in the brain. In cholinergic neurons, the high-affinity choline transporter (CHT1) provides an extraordinarily efficient reuptake mechanism to reutilize choline derived from intrasynaptical ACh hydrolysis and maintain ACh synthesis in the presynapse. Here, we determined structures of human CHT1 in three discrete states: the outward-facing state bound with the competitive inhibitor hemicholinium-3 (HC-3); the inward-facing occluded state bound with the substrate choline; and the inward-facing apo open state. Our structures and functional characterizations elucidate how the inhibitor and substrate are recognized. Moreover, our findings shed light on conformational changes when transitioning from an outward-facing to an inward-facing state and establish a framework for understanding the transport cycle, which relies on the stabilization of the outward-facing state by a short intracellular helix, IH1.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38589607
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 3.7 Å
構造データ

36025

8j74

EMDB-36025, PDB-8j74:
Human high-affinity choline transporter CHT1 in the HC-3-bound outward-facing open conformation, dimeric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

36027

8j75

EMDB-36027, PDB-8j75:
Human high-affinity choline transporter CHT1 in the HC-3-bound outward-facing open conformation, monomeric state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

36029

8j76

EMDB-36029, PDB-8j76:
Human high-affinity choline transporter CHT1 in the inward-facing apo-open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

36030

8j77

EMDB-36030, PDB-8j77:
Human high-affinity choline transporter CHT1 in the choline-bound inward-facing occluded conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン

ChemComp-HC6:
(2S,2'S)-2,2'-biphenyl-4,4'-diylbis(2-hydroxy-4,4-dimethylmorpholin-4-ium)

ChemComp-CHT:
CHOLINE ION / コリン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CHT1 / SLC5A7 / high affinity choline transporter / choline transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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