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タイトルSix states of Enterococcus hirae V-type ATPase reveals non-uniform rotor rotation during turnover.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 6, Issue 1, Page 755, Year 2023
掲載日2023年7月28日
著者Raymond N Burton-Smith / Chihong Song / Hiroshi Ueno / Takeshi Murata / Ryota Iino / Kazuyoshi Murata /
PubMed 要旨The vacuolar-type ATPase from Enterococcus hirae (EhV-ATPase) is a thus-far unique adaptation of V-ATPases, as it performs Na transport and demonstrates an off-axis rotor assembly. Recent single ...The vacuolar-type ATPase from Enterococcus hirae (EhV-ATPase) is a thus-far unique adaptation of V-ATPases, as it performs Na transport and demonstrates an off-axis rotor assembly. Recent single molecule studies of the isolated V domain have indicated that there are subpauses within the three major states of the pseudo three-fold symmetric rotary enzyme. However, there was no structural evidence for these. Herein we activate the EhV-ATPase complex with ATP and identified multiple structures consisting of a total of six states of this complex by using cryo-electron microscopy. The orientations of the rotor complex during turnover, especially in the intermediates, are not as perfectly uniform as expected. The densities in the nucleotide binding pockets in the V domain indicate the different catalytic conditions for the six conformations. The off-axis rotor and its' interactions with the stator a-subunit during rotation suggests that this non-uniform rotor rotation is performed through the entire complex.
リンクCommun Biol / PubMed:37507515 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 7.7 Å
構造データ

EMDB-34139: E. hirae V-ATPase state 1 (whole complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-34140: E. hirae V-ATPase state 1' (whole complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-34141: E. hirae V-ATPase state 2 (whole complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-34142: E. hirae V-ATPase state 2' (whole complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-34143: E. hirae V-ATPase state 3 (whole complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-34144: E. hirae V-ATPase state 3' (whole complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-34145: E. hirae V-ATPase state 1 (V1 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-34146: E. hirae V-ATPase state 1' (V1 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-34147: E. hirae V-ATPase state 2 (V1 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-34148: E. hirae V-ATPase state 2' (V1 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-34149: E. hirae V-ATPase state 3 (V1 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-34150: E. hirae V-ATPase state 3' (V1 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

由来
  • Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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