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タイトルCryo-EM structure and protease activity of the type III-E CRISPR-Cas effector.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 8, Issue 3, Page 522-532, Year 2023
掲載日2023年1月26日
著者Yangao Huo / Hongshen Zhao / Qinghua Dong / Tao Jiang /
PubMed 要旨The recently discovered type III-E CRISPR-Cas effector Cas7-11 shows promise when used as an RNA manipulation tool, but its structure and the mechanisms underlying its function remain unclear. Here ...The recently discovered type III-E CRISPR-Cas effector Cas7-11 shows promise when used as an RNA manipulation tool, but its structure and the mechanisms underlying its function remain unclear. Here we present four cryo-EM structures of Desulfonema ishimotonii Cas7-11-crRNA complex in pre-target and target RNA-bound states, and the cryo-EM structure of DiCas7-11-crRNA bound to its accessory protein DiCsx29. These data reveal structural elements for pre-crRNA processing, target RNA cleavage and regulation. Moreover, a 3' seed region of crRNA is involved in regulating RNA cleavage activity of DiCas7-11-crRNA-Csx29. Our analysis also shows that both the minimal mismatch of 4 nt to the 5' handle of crRNA and the minimal matching of the first 12 nt of the spacer by the target RNA are essential for triggering the protease activity of DiCas7-11-crRNA-Csx29 towards DiCsx30. Taken together, we propose that target RNA recognition and cleavage regulate and fine-tune the protease activity of DiCas7-11-crRNA-Csx29, thus preventing auto-immune responses.
リンクNat Microbiol / PubMed:36702942
手法EM (単粒子)
解像度3.14 - 3.64 Å
構造データ

33955

7yn9

EMDB-33955, PDB-7yn9:
Cryo-EM structure of Cas7-11-crRNA binary complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

33956

7yna

EMDB-33956, PDB-7yna:
Cryo-EM structure of Cas7-11-crRNA bound to target RNA-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.64 Å

33957

7ynb

EMDB-33957, PDB-7ynb:
Cryo-EM structure of Cas7-11-crRNA bound to target RNA-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

33958

7ync

EMDB-33958, PDB-7ync:
Cryo-EM structure of Cas7-11-crRNA bound to target RNA-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

33959

7ynd

EMDB-33959, PDB-7ynd:
Cryo-EM structure of Cas7-11-crRNA-Csx29 ternary complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

由来
  • desulfonema ishimotonii (バクテリア)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Cas7-11 / crRNA / CRISPR-Cas / Csx29

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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