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タイトルIn situ structures of polymerase complex of mammalian reovirus illuminate RdRp activation and transcription regulation.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 50, Page e2203054119, Year 2022
掲載日2022年12月13日
著者Keyan Bao / Xueli Zhang / Dongyu Li / Wei Sun / Zhenzhao Sun / Jingfei Wang / Ping Zhu /
PubMed 要旨Mammalian reovirus (reovirus) is a multilayered, turreted member of characterized by transcription of dsRNA genome within the innermost capsid shell. Here, we present high-resolution in situ ...Mammalian reovirus (reovirus) is a multilayered, turreted member of characterized by transcription of dsRNA genome within the innermost capsid shell. Here, we present high-resolution in situ structures of reovirus transcriptase complex in an intact double-layered virion, and in the uncoated single-layered core particles in the unloaded, reloaded, pre-elongation, and elongation states, respectively, obtained by cryo-electron microscopy and sub-particle reconstructions. At the template entry of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), the RNA-loading region gets flexible after uncoating resulting in the unloading of terminal genomic RNA and inactivity of transcription. However, upon adding transcriptional substrates, the RNA-loading region is recovered leading the RNAs loaded again. The priming loop in RdRp was found to play a critical role in regulating transcription, which hinders the elongation of transcript in virion and triggers the rearrangement of RdRp C-terminal domain (CTD) during elongation, resulting in splitting of template-transcript hybrid and opening of transcript exit. With the integration of these structures, a transcriptional model of reovirus with five states is proposed. Our structures illuminate the RdRp activation and regulation of the multilayered turreted reovirus.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:36469786 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.6 Å
構造データ

33770

7yed

EMDB-33770, PDB-7yed:
In situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in the elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

33778

7yev

EMDB-33778, PDB-7yev:
In situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in the pre-elongation state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

33779

7yez

EMDB-33779, PDB-7yez:
In situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in the reloaded state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

33780

7yf0

EMDB-33780, PDB-7yf0:
In situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in the core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

33787

7yfe

EMDB-33787, PDB-7yfe:
In situ structure of polymerase complex of mammalian reovirus in virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-UTP:
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / UTP*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • mammalian orthoreovirus 3 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / mammalian reovirus / cryo-em / RNA dependent RNA polymerase / transcription / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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