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タイトルStructural mechanisms of TRPV2 modulation by endogenous and exogenous ligands.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 19, Issue 1, Page 72-80, Year 2023
掲載日2022年9月26日
著者Nannan Su / Wenxuan Zhen / Heng Zhang / Lingyi Xu / Yitian Jin / Xiaoying Chen / Cheng Zhao / Qinrui Wang / Xinyan Wang / Shaowei Li / Han Wen / Wei Yang / Jiangtao Guo / Fan Yang /
PubMed 要旨The transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) ion channel is a polymodal receptor widely involved in many physiological and pathological processes. Despite many TRPV2 modulators being ...The transient receptor potential vanilloid 2 (TRPV2) ion channel is a polymodal receptor widely involved in many physiological and pathological processes. Despite many TRPV2 modulators being identified, whether and how TRPV2 is regulated by endogenous lipids remains elusive. Here, we report an endogenous cholesterol molecule inside the vanilloid binding pocket (VBP) of TRPV2, with a 'head down, tail up' configuration, resolved at 3.2 Å using cryo-EM. Cholesterol binding antagonizes ligand activation of TRPV2, which is removed from VBP by methyl-β-cyclodextrin (MβCD) as resolved at 2.9 Å. We also observed that estradiol (E2) potentiated TRPV2 activation by 2-aminoethoxydiphenyl borate (2-APB), a classic tool compound for TRP channels. Our cryo-EM structures (resolved at 2.8-3.3 Å) further suggest how E2 disturbed cholesterol binding and how 2-APB bound within the VBP with E2 or without both E2 and endogenous cholesterol, respectively. Therefore, our study has established the structural basis for ligand recognition of the inhibitory endogenous cholesterol and excitatory exogenous 2-APB in TRPV2.
リンクNat Chem Biol / PubMed:36163384
手法EM (単粒子)
解像度2.47 - 3.27 Å
構造データ

33156

7xem

EMDB-33156, PDB-7xem:
Cholesterol bound state of mTRPV2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

33157

7xeo

EMDB-33157, PDB-7xeo:
MbetaCD treated state of mTRPV2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

33158

7xer

EMDB-33158, PDB-7xer:
Structure of mTRPV2_Q525T
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.47 Å

33159

7xeu

EMDB-33159, PDB-7xeu:
Structure of mTRPV2_E2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

33160

7xev

EMDB-33160, PDB-7xev:
Structure of mTRPV2_2-APB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

33161

7xew

EMDB-33161, PDB-7xew:
Structure of mTRPV2_Q525F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

33774

7yep

EMDB-33774, PDB-7yep:
2-APB bound state of mTRPV2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-FZ4:
2-aminoethyl diphenylborinate / 2-APB / ジフェニルボリン酸2-アミノエチル

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / mTRPV2 / chloesterol / MbetaCD / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / 2-APB

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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