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タイトルArchitecture of chloroplast TOC-TIC translocon supercomplex.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 615, Issue 7951, Page 349-357, Year 2023
掲載日2023年1月26日
著者Hao Liu / Anjie Li / Jean-David Rochaix / Zhenfeng Liu /
PubMed 要旨Chloroplasts rely on the translocon complexes in the outer and inner envelope membranes (the TOC and TIC complexes, respectively) to import thousands of different nuclear-encoded proteins from the ...Chloroplasts rely on the translocon complexes in the outer and inner envelope membranes (the TOC and TIC complexes, respectively) to import thousands of different nuclear-encoded proteins from the cytosol. Although previous studies indicated that the TOC and TIC complexes may assemble into larger supercomplexes, the overall architectures of the TOC-TIC supercomplexes and the mechanism of preprotein translocation are unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii. The major subunits of the TOC complex (Toc75, Toc90 and Toc34) and TIC complex (Tic214, Tic20, Tic100 and Tic56), three chloroplast translocon-associated proteins (Ctap3, Ctap4 and Ctap5) and three newly identified small inner-membrane proteins (Simp1-3) have been located in the supercomplex. As the largest protein, Tic214 traverses the inner membrane, the intermembrane space and the outer membrane, connecting the TOC complex with the TIC proteins. An inositol hexaphosphate molecule is located at the Tic214-Toc90 interface and stabilizes their assembly. Four lipid molecules are located within or above an inner-membrane funnel formed by Tic214, Tic20, Simp1 and Ctap5. Multiple potential pathways found in the TOC-TIC supercomplex may support translocation of different substrate preproteins into chloroplasts.
リンクNature / PubMed:36702157
手法EM (単粒子)
解像度2.77 - 2.97 Å
構造データ

33528

7xzi

EMDB-33528, PDB-7xzi:
Cryo-EM structure of TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

33529

7xzj

EMDB-33529, PDB-7xzj:
Cryo-EM structure of TOC complex from Chlamydomonas reinhardtii.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

化合物

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

由来
  • chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
キーワードTRANSLOCASE / Complex / membrane protein / Complex membrane protein outer membrane

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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