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タイトルStructures of honeybee-infecting Lake Sinai virus reveal domain functions and capsid assembly with dynamic motions.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 545, Year 2023
掲載日2023年2月1日
著者Nai-Chi Chen / Chun-Hsiung Wang / Masato Yoshimura / Yi-Qi Yeh / Hong-Hsiang Guan / Phimonphan Chuankhayan / Chien-Chih Lin / Pei-Ju Lin / Yen-Chieh Huang / Soichi Wakatsuki / Meng-Chiao Ho / Chun-Jung Chen /
PubMed 要旨Understanding the structural diversity of honeybee-infecting viruses is critical to maintain pollinator health and manage the spread of diseases in ecology and agriculture. We determine cryo-EM ...Understanding the structural diversity of honeybee-infecting viruses is critical to maintain pollinator health and manage the spread of diseases in ecology and agriculture. We determine cryo-EM structures of T = 4 and T = 3 capsids of virus-like particles (VLPs) of Lake Sinai virus (LSV) 2 and delta-N48 LSV1, belonging to tetraviruses, at resolutions of 2.3-2.6 Å in various pH environments. Structural analysis shows that the LSV2 capsid protein (CP) structural features, particularly the protruding domain and C-arm, differ from those of other tetraviruses. The anchor loop on the central β-barrel domain interacts with the neighboring subunit to stabilize homo-trimeric capsomeres during assembly. Delta-N48 LSV1 CP interacts with ssRNA via the rigid helix α1', α1'-α1 loop, β-barrel domain, and C-arm. Cryo-EM reconstructions, combined with X-ray crystallographic and small-angle scattering analyses, indicate that pH affects capsid conformations by regulating reversible dynamic particle motions and sizes of LSV2 VLPs. C-arms exist in all LSV2 and delta-N48 LSV1 VLPs across varied pH conditions, indicating that autoproteolysis cleavage is not required for LSV maturation. The observed linear domino-scaffold structures of various lengths, made up of trapezoid-shape capsomeres, provide a basis for icosahedral T = 4 and T = 3 architecture assemblies. These findings advance understanding of honeybee-infecting viruses that can cause Colony Collapse Disorder.
リンクNat Commun / PubMed:36726015 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.32 - 4.8 Å
構造データ

EMDB-33368, PDB-7xpa:
Cryo-EM structure of the T=3 lake sinai virus 2 virus-like capsid at pH 7.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-33369, PDB-7xpb:
Cryo-EM structure of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like capsid at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.91 Å

EMDB-33370, PDB-7xpd:
Cryo-EM structure of the T=3 lake sinai virus 2 virus-like capsid at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

EMDB-33371, PDB-7xpe:
Cryo-EM structure of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like capsid at pH 8.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-33372, PDB-7xpf:
Cryo-EM structure of the T=3 lake sinai virus 2 virus-like capsid at pH 8.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

EMDB-33373, PDB-7xpg:
Cryo-EM structure of the T=3 lake sinai virus 1 (delta-N48) virus-like capsid at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

EMDB-33374: Focused refinement cryo-EM map of the A/B/C subunits of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like particle at pH 7.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

EMDB-33375: Focus refinement cryo-EM map of the D/D/D subunits of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

EMDB-33376: Focused refinement cryo-EM map of the A/B/C subunits of the T=3 lake sinai virus 2 virus-like particle at pH 7.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-33377: Focused refinement cryo-EM map of the A/B/C subunits of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like particle at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-33378: Focused refinement cryo-EM map of the D/D/D subunits of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like particle at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

EMDB-33379: Focused refinement cryo-EM map of the A/B/C subunits of the T=3 lake sinai virus 2 virus-like particle at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

EMDB-33380: Focused refinement cryo-EM map of the A/B/C subunits of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like particle at pH 8.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

EMDB-33381: Focused refinement cryo-EM map of the D/D/D subunits of the T=4 lake sinai virus 2 virus-like particle at pH 8.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-33382: Focused refinement cryo-EM map of the A/B/C subunits of the T=3 lake sinai virus 2 virus-like particle at pH 8.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.32 Å

EMDB-33383: Focused refinement cryo-EM map of the A/B/C subunits of the T=3 lake sinai virus 1 (delta N-terminal 48 residues) virus-like particle at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

EMDB-33384: Cryo-EM map of the T=4 lake sinai virus 1 (delta N-terminal 48 residues) virus-like particle at pH 6.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

由来
  • lake sinai virus 2 (ウイルス)
  • lake sinai virus 1 (ウイルス)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • Lake Sinai virus
  • Lake Sinai virus 2
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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