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タイトルCryoelectron microscopy structures of a human neutralizing antibody bound to MERS-CoV spike glycoprotein.
ジャーナル・号・ページFront Microbiol, Vol. 13, Page 988298, Year 2022
掲載日2022年9月28日
著者Shuyuan Zhang / Wenxv Jia / Jianwei Zeng / Mingxi Li / Ziyi Wang / Haixia Zhou / Linqi Zhang / Xinquan Wang /
PubMed 要旨Neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) against highly pathogenic coronaviruses represent promising candidates for clinical intervention. Here, we isolated a potent neutralizing monoclonal ...Neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) against highly pathogenic coronaviruses represent promising candidates for clinical intervention. Here, we isolated a potent neutralizing monoclonal antibody, MERS-S41, from a yeast displayed scFv library using the S protein as a bait. To uncover the neutralization mechanism, we determined structures of MERS-S41 Fab in complex with the trimeric spike glycoprotein by cryoelectron microscopy (cryo-EM). We observed four distinct classes of the complex structure, which showed that the MERS-S41 Fab bound to the "up" receptor binding domain (RBD) with full saturation and also bound to an accessible partially lifted "down" RBD, providing a structural basis for understanding how mAbs bind to trimeric spike glycoproteins. Structure analysis of the epitope and cell surface staining assays demonstrated that virus entry is blocked predominantly by direct competition with the host receptor, dipeptidyl peptidase-4 (DPP4).
リンクFront Microbiol / PubMed:36246239 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.49 - 3.685 Å
構造データ

32958

7x25

EMDB-32958, PDB-7x25:
MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class4 (2u1d RBD with 3Fab)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

32959

7x26

EMDB-32959, PDB-7x26:
S41 neutralizing antibody Fab(MERS-CoV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.685 Å

32961

7x28

EMDB-32961, PDB-7x28:
MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class3 (2u1d RBD with 2Fab)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

32962

7x29

EMDB-32962, PDB-7x29:
MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class2 (1u2d RBD with 2Fab)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

32963

7x2a

EMDB-32963, PDB-7x2a:
MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class1 (1u2d RBD with 1Fab)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • middle east respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / receptor binding domain / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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