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タイトルStructural basis of adhesion GPCR GPR110 activation by stalk peptide and G-proteins coupling.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 5513, Year 2022
掲載日2022年9月20日
著者Xinyan Zhu / Yu Qian / Xiaowan Li / Zhenmei Xu / Ruixue Xia / Na Wang / Jiale Liang / Han Yin / Anqi Zhang / Changyou Guo / Guangfu Wang / Yuanzheng He /
PubMed 要旨Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) are keys of many physiological events and attractive targets for various diseases. aGPCRs are also known to be capable of self-activation via an ...Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) are keys of many physiological events and attractive targets for various diseases. aGPCRs are also known to be capable of self-activation via an autoproteolysis process that removes the inhibitory GAIN domain on the extracellular side of receptor and releases a stalk peptide to bind and activate the transmembrane side of receptor. However, the detailed mechanism of aGPCR activation remains elusive. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of GPR110 (ADGRF1), a member of aGPCR, in complex with G, G, G, G and G The structures reveal distinctive ligand engaging model and activation conformations of GPR110. The structures also unveil the rarely explored GPCR/G and GPCR/G engagements. A comparison of G, G, G, G and G engagements with GPR110 reveals details of G-protein engagement, including a dividing point at the far end of the alpha helix 5 (αH5) of Gα subunit that separates G/G engagements from G/G/G engagements. This is also where G/G bind the receptor through both hydrophobic and polar interaction, while G/G/G engage receptor mainly through hydrophobic interaction. We further provide physiological evidence of GPR110 activation via stalk peptide. Taken together, our study fills the missing information of GPCR/G-protein engagement and provides a framework for understanding aGPCR activation and GPR110 signaling.
リンクNat Commun / PubMed:36127364 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.83 - 3.09 Å
構造データ

32881

7wxu

EMDB-32881: Protein 110 and Q complex
PDB-7wxu: GPR110/Gq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

32882

7wxw

EMDB-32882: Protein 110 and S complex
PDB-7wxw: GPR110/Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

32883

7wy0

EMDB-32883: Protein 110 and 13 complex
PDB-7wy0: GPR110/G13 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

32905

7wz7

EMDB-32905, PDB-7wz7:
GPR110/G12 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

32972

7x2v

EMDB-32972: Protein 110 and i complex
PDB-7x2v: GPR110/Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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