[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルMemory B cell repertoire from triple vaccinees against diverse SARS-CoV-2 variants.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 603, Issue 7903, Page 919-925, Year 2022
掲載日2022年1月28日
著者Kang Wang / Zijing Jia / Linilin Bao / Lei Wang / Lei Cao / Hang Chi / Yaling Hu / Qianqian Li / Yunjiao Zhou / Yinan Jiang / Qianhui Zhu / Yongqiang Deng / Pan Liu / Nan Wang / Lin Wang / Min Liu / Yurong Li / Boling Zhu / Kaiyue Fan / Wangjun Fu / Peng Yang / Xinran Pei / Zhen Cui / Lili Qin / Pingju Ge / Jiajing Wu / Shuo Liu / Yiding Chen / Weijin Huang / Qiao Wang / Cheng-Feng Qin / Youchun Wang / Chuan Qin / Xiangxi Wang /
PubMed 要旨Omicron (B.1.1.529), the most heavily mutated SARS-CoV-2 variant so far, is highly resistant to neutralizing antibodies, raising concerns about the effectiveness of antibody therapies and vaccines. ...Omicron (B.1.1.529), the most heavily mutated SARS-CoV-2 variant so far, is highly resistant to neutralizing antibodies, raising concerns about the effectiveness of antibody therapies and vaccines. Here we examined whether sera from individuals who received two or three doses of inactivated SARS-CoV-2 vaccine could neutralize authentic Omicron. The seroconversion rates of neutralizing antibodies were 3.3% (2 out of 60) and 95% (57 out of 60) for individuals who had received 2 and 3 doses of vaccine, respectively. For recipients of three vaccine doses, the geometric mean neutralization antibody titre for Omicron was 16.5-fold lower than for the ancestral virus (254). We isolated 323 human monoclonal antibodies derived from memory B cells in triple vaccinees, half of which recognized the receptor-binding domain, and showed that a subset (24 out of 163) potently neutralized all SARS-CoV-2 variants of concern, including Omicron. Therapeutic treatments with representative broadly neutralizing monoclonal antibodies were highly protective against infection of mice with SARS-CoV-2 Beta (B.1.351) and Omicron. Atomic structures of the Omicron spike protein in complex with three classes of antibodies that were active against all five variants of concern defined the binding and neutralizing determinants and revealed a key antibody escape site, G446S, that confers greater resistance to a class of antibodies that bind on the right shoulder of the receptor-binding domain by altering local conformation at the binding interface. Our results rationalize the use of three-dose immunization regimens and suggest that the fundamental epitopes revealed by these broadly ultrapotent antibodies are rational targets for a universal sarbecovirus vaccine.
リンクNature / PubMed:35090164 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.0 Å
構造データ

32441

7we7

EMDB-32441, PDB-7we7:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein in complex with Fab XGv282
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

32442

7we8

EMDB-32442, PDB-7we8:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein in complex with Fab XGv265
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

32443

7we9

EMDB-32443, PDB-7we9:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein in complex with Fab XGv289
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

32444

7wea

EMDB-32444, PDB-7wea:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein in complex with two XGv347 binding to one close state RBD and one open state RBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

32445

7web

EMDB-32445, PDB-7web:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein with two XGv347 binding to two open state RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

32446

7wec

EMDB-32446, PDB-7wec:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike protein with three XGv347 Fabs binding to three closed state RBDs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

32447

7wed

EMDB-32447, PDB-7wed:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv347
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

32448

7wee

EMDB-32448, PDB-7wee:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv265
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

32449

7wef

EMDB-32449, PDB-7wef:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv289
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

32581

7wlc

EMDB-32581, PDB-7wlc:
SARS-CoV-2 Omicron variant spike RBD in complex with Fab XGv282
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron / Spike-Fab complex / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る