[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructure, function and pharmacology of human itch receptor complexes.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 600, Issue 7887, Page 164-169, Year 2021
掲載日2021年11月17日
著者Fan Yang / Lulu Guo / Yu Li / Guopeng Wang / Jia Wang / Chao Zhang / Guo-Xing Fang / Xu Chen / Lei Liu / Xu Yan / Qun Liu / Changxiu Qu / Yunfei Xu / Peng Xiao / Zhongliang Zhu / Zijian Li / Jiuyao Zhou / Xiao Yu / Ning Gao / Jin-Peng Sun /
PubMed 要旨In the clades of animals that diverged from the bony fish, a group of Mas-related G-protein-coupled receptors (MRGPRs) evolved that have an active role in itch and allergic signals. As an MRGPR, ...In the clades of animals that diverged from the bony fish, a group of Mas-related G-protein-coupled receptors (MRGPRs) evolved that have an active role in itch and allergic signals. As an MRGPR, MRGPRX2 is known to sense basic secretagogues (agents that promote secretion) and is involved in itch signals and eliciting pseudoallergic reactions. MRGPRX2 has been targeted by drug development efforts to prevent the side effects induced by certain drugs or to treat allergic diseases. Here we report a set of cryo-electron microscopy structures of the MRGPRX2-G trimer in complex with polycationic compound 48/80 or with inflammatory peptides. The structures of the MRGPRX2-G complex exhibited shallow, solvent-exposed ligand-binding pockets. We identified key common structural features of MRGPRX2 and describe a consensus motif for peptidic allergens. Beneath the ligand-binding pocket, the unusual kink formation at transmembrane domain 6 (TM6) and the replacement of the general toggle switch from Trp to Gly (superscript annotations as per Ballesteros-Weinstein nomenclature) suggest a distinct activation process. We characterized the interfaces of MRGPRX2 and the G trimer, and mapped the residues associated with key single-nucleotide polymorphisms on both the ligand and G-protein interfaces of MRGPRX2. Collectively, our results provide a structural basis for the sensing of cationic allergens by MRGPRX2, potentially facilitating the rational design of therapies to prevent unwanted pseudoallergic reactions.
リンクNature / PubMed:34789875
手法EM (単粒子)
解像度2.76 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-31918, PDB-7vdh:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with C48/80, state2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-31922, PDB-7vdl:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with circular cortistatin-14
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

EMDB-31923, PDB-7vdm:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with substance P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

EMDB-32131, PDB-7vuy:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12. state1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

EMDB-32132, PDB-7vuz:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, state2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-32133, PDB-7vv0:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with PAMP-12, local
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-32136, PDB-7vv3:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with linear cortistatin-14
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-32137, PDB-7vv4:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with linear cortistatin-14, local
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-32138, PDB-7vv5:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with C48/80, state1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-32139, PDB-7vv6:
Cryo-EM structure of pseudoallergen receptor MRGPRX2 complex with C48/80 (local)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-6IB:
2-[4-methoxy-3-[[2-methoxy-3-[[2-methoxy-5-[2-(methylamino)ethyl]phenyl]methyl]-5-[2-(methylamino)ethyl]phenyl]methyl]phenyl]-~{N}-methyl-ethanamine / 2,2′-[2-メトキシ-5-[2-(メチルアミノ)エチル]-1,3-フェニレンビス[メチレン(4-メトキシ-3,1-(以下略)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G Protein-Coupled Receptor

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る