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タイトルA panel of nanobodies recognizing conserved hidden clefts of all SARS-CoV-2 spike variants including Omicron.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 5, Issue 1, Page 669, Year 2022
掲載日2022年7月6日
著者Ryota Maeda / Junso Fujita / Yoshinobu Konishi / Yasuhiro Kazuma / Hiroyuki Yamazaki / Itsuki Anzai / Tokiko Watanabe / Keishi Yamaguchi / Kazuki Kasai / Kayoko Nagata / Yutaro Yamaoka / Kei Miyakawa / Akihide Ryo / Kotaro Shirakawa / Kei Sato / Fumiaki Makino / Yoshiharu Matsuura / Tsuyoshi Inoue / Akihiro Imura / Keiichi Namba / Akifumi Takaori-Kondo /
PubMed 要旨We are amid the historic coronavirus infectious disease 2019 (COVID-19) pandemic. Imbalances in the accessibility of vaccines, medicines, and diagnostics among countries, regions, and populations, ...We are amid the historic coronavirus infectious disease 2019 (COVID-19) pandemic. Imbalances in the accessibility of vaccines, medicines, and diagnostics among countries, regions, and populations, and those in war crises, have been problematic. Nanobodies are small, stable, customizable, and inexpensive to produce. Herein, we present a panel of nanobodies that can detect the spike proteins of five SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) including Omicron. Here we show via ELISA, lateral flow, kinetic, flow cytometric, microscopy, and Western blotting assays that our nanobodies can quantify the spike variants. This panel of nanobodies broadly neutralizes viral infection caused by pseudotyped and authentic SARS-CoV-2 VOCs. Structural analyses show that the P86 clone targets epitopes that are conserved yet unclassified on the receptor-binding domain (RBD) and contacts the N-terminal domain (NTD). Human antibodies rarely access both regions; consequently, the clone buries hidden crevasses of SARS-CoV-2 spike proteins that go undetected by conventional antibodies.
リンクCommun Biol / PubMed:35794202 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.6 - 3.29 Å
構造データ

32078

7vq0

EMDB-32078, PDB-7vq0:
Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (2-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P86
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-32079: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (3-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P86
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-32080: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (1-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P17
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-32081: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein (2-up RBD) bound to neutralizing nanobodies P17
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

PDB-7vpy:
Crystal structure of the neutralizing nanobody P86 against SARS-CoV-2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • vicugna pacos (アルパカ)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / spike / nanobody (ナノボディ) / VHH / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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