[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural identification of vasodilator binding sites on the SUR2 subunit.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 2675, Year 2022
掲載日2022年5月13日
著者Dian Ding / Jing-Xiang Wu / Xinli Duan / Songling Ma / Lipeng Lai / Lei Chen /
PubMed 要旨ATP-sensitive potassium channels (K), composed of Kir6 and SUR subunits, convert the metabolic status of the cell into electrical signals. Pharmacological activation of SUR2- containing K channels by ...ATP-sensitive potassium channels (K), composed of Kir6 and SUR subunits, convert the metabolic status of the cell into electrical signals. Pharmacological activation of SUR2- containing K channels by class of small molecule drugs known as K openers leads to hyperpolarization of excitable cells and to vasodilation. Thus, K openers could be used to treat cardiovascular diseases. However, where these vasodilators bind to K and how they activate the channel remains elusive. Here, we present cryo-EM structures of SUR2A and SUR2B subunits in complex with Mg-nucleotides and P1075 or levcromakalim, two chemically distinct K openers that are specific to SUR2. Both P1075 and levcromakalim bind to a common site in the transmembrane domain (TMD) of the SUR2 subunit, which is between TMD1 and TMD2 and is embraced by TM10, TM11, TM12, TM14, and TM17. These K openers synergize with Mg-nucleotides to stabilize SUR2 in the NBD-dimerized occluded state to activate the channel.
リンクNat Commun / PubMed:35562524 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.4 Å
構造データ

32024

7vlr

EMDB-32024, PDB-7vlr:
Structure of SUR2B in complex with Mg-ATP/ADP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

32025

7vls

EMDB-32025, PDB-7vls:
Structure of SUR2B in complex with MgATP/ADP and P1075
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

32026

7vlt

EMDB-32026, PDB-7vlt:
Structure of SUR2B in complex with Mg-ATP/ADP and levcromakalim
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

32027

7vlu

EMDB-32027, PDB-7vlu:
Structure of SUR2A in complex with Mg-ATP/ADP and P1075
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ESV:
1-cyano-2-(2-methylbutan-2-yl)-3-pyridin-3-yl-guanidine / P-1075

ChemComp-ETJ:
(3S,4R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-(2-oxidanylidenepyrrolidin-1-yl)-3,4-dihydrochromene-6-carbonitrile / レブクロマカリム

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SUR2B / ABC transporter / P1075 / levcromakalim / SUR2A

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る