[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルNasal delivery of single-domain antibody improves symptoms of SARS-CoV-2 infection in an animal model.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 17, Issue 10, Page e1009542, Year 2021
掲載日2021年10月14日
著者Kei Haga / Reiko Takai-Todaka / Yuta Matsumura / Chihong Song / Tomomi Takano / Takuto Tojo / Atsushi Nagami / Yuki Ishida / Hidekazu Masaki / Masayuki Tsuchiya / Toshiki Ebisudani / Shinya Sugimoto / Toshiro Sato / Hiroyuki Yasuda / Koichi Fukunaga / Akihito Sawada / Naoto Nemoto / Kazuyoshi Murata / Takuya Morimoto / Kazuhiko Katayama /
PubMed 要旨The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that causes the disease COVID-19 can lead to serious symptoms, such as severe pneumonia, in the elderly and those with underlying ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that causes the disease COVID-19 can lead to serious symptoms, such as severe pneumonia, in the elderly and those with underlying medical conditions. While vaccines are now available, they do not work for everyone and therapeutic drugs are still needed, particularly for treating life-threatening conditions. Here, we showed nasal delivery of a new, unmodified camelid single-domain antibody (VHH), termed K-874A, effectively inhibited SARS-CoV-2 titers in infected lungs of Syrian hamsters without causing weight loss and cytokine induction. In vitro studies demonstrated that K-874A neutralized SARS-CoV-2 in both VeroE6/TMPRSS2 and human lung-derived alveolar organoid cells. Unlike other drug candidates, K-874A blocks viral membrane fusion rather than viral attachment. Cryo-electron microscopy revealed K-874A bound between the receptor binding domain and N-terminal domain of the virus S protein. Further, infected cells treated with K-874A produced fewer virus progeny that were less infective. We propose that direct administration of K-874A to the lung could be a new treatment for preventing the reinfection of amplified virus in COVID-19 patients.
リンクPLoS Pathog / PubMed:34648602 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 6.9 Å
構造データ

EMDB-31572:
Minor cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 with K-874A VHHs , focused refinement of K-874A, RBD and NTD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-31573:
Minor cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 with K-874A VHHs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-31574, PDB-7fg2:
Minor cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 with K-874A VHH, composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-31575:
Major cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 with K-874A VHHs, focussed refinement of K-874A, RBD and NTD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-31576:
Major cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 with K-874A VHHs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-31577, PDB-7fg3:
Major cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2 with K-874, composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-31578, PDB-7fg7:
Cryo-EM structure of S protein trimer of SARS-CoV2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN BINDING / Antibody

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る