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タイトルStructural and Functional Analysis of SsaV Cytoplasmic Domain and Variable Linker States in the Context of the InvA-SsaV Chimeric Protein.
ジャーナル・号・ページMicrobiol Spectr, Vol. 9, Issue 3, Page e0125121, Year 2021
掲載日2021年12月22日
著者Jinghua Xu / Jiuqing Wang / Aijun Liu / Yanqing Zhang / Xiang Gao /
PubMed 要旨The type III secretion (T3S) injectisome is a syringe-like protein-delivery nanomachine widely utilized by Gram-negative bacteria. It can deliver effector proteins directly from bacteria into ...The type III secretion (T3S) injectisome is a syringe-like protein-delivery nanomachine widely utilized by Gram-negative bacteria. It can deliver effector proteins directly from bacteria into eukaryotic host cells, which is crucial for the bacterial-host interaction. Intracellular pathogen Salmonella enterica serovar Typhimurium encodes two sets of T3S injectisomes from Salmonella pathogenicity islands 1 and 2 (SPI-1 and SPI-2), which are critical for its host invasion and intracellular survival, respectively. The inner membrane export gate protein, SctV (InvA in SPI-1 and SsaV in SPI-2), is the largest component of the injectisome and is essential for assembly and function of T3SS. Here, we report the 2.11 Å cryo-EM structure of the SsaV cytoplasmic domain (SsaV) in the context of a full-length SctV chimera consisting of the transmembrane region of InvA, the linker of SsaV (SsaV) and SsaV. The structural analysis shows that SsaV exists in a semi-open state and SsaV exhibits two major orientations, implying a highly dynamic process of SsaV for the substrate selection and secretion in a full-length context. A biochemical assay indicates that SsaV plays an essential role in maintaining the nonameric state of SsaV. This study offers near atomic-level insights into how SsaV and SsaV facilitate the assembly and function of SsaV and may lead to the development of potential anti-virulence therapeutics against T3SS-mediated bacterial infection. Type III secretion system (T3SS) is a multicomponent nanomachine and a critical virulence factor for a wide range of Gram-negative bacterial pathogens. It can deliver numbers of effectors into the host cell to facilitate the bacterial host infection. Export gate protein SctV, as one of the engines of T3SS, is at the center of T3SS assembly and function. In this study, we show the high-resolution atomic structure of the cytosolic domain of SctV in the nonameric state with variable linker conformations. Our first observation of conformational changes of the linker region of SctV and the semi-open state of the cytosolic domain of SctV in the full-length context further support that the substrate selection and secretion process of SctV is highly dynamic. These findings have important implications for the development of therapeutic strategies targeting SctV to combat T3SS-mediated bacterial infection.
リンクMicrobiol Spectr / PubMed:34851139 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.11 - 3.64 Å
構造データ

31551

7feb

EMDB-31551, PDB-7feb:
Cryo-EM structure of the nonameric SsaV cytosolic domain in the context of the InvA-SsaV chimeric protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.11 Å

31552

7fec

EMDB-31552, PDB-7fec:
Cryo-EM structure of the nonameric SsaV cytosolic domain with C9 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.64 Å

31553

7fed

EMDB-31553, PDB-7fed:
Cryo-EM structure of the nonameric SsaV cytosolic domain with D9 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

由来
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2 (サルモネラ菌)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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