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タイトルStructure of cytochrome in complex with Q203 and TB47, two anti-TB drug candidates.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 10, Year 2021
掲載日2021年11月25日
著者Shan Zhou / Weiwei Wang / Xiaoting Zhou / Yuying Zhang / Yuezheng Lai / Yanting Tang / Jinxu Xu / Dongmei Li / Jianping Lin / Xiaolin Yang / Ting Ran / Hongming Chen / Luke W Guddat / Quan Wang / Yan Gao / Zihe Rao / Hongri Gong /
PubMed 要旨Pathogenic mycobacteria pose a sustained threat to global human health. Recently, cytochrome complexes have gained interest as targets for antibiotic drug development. However, there is currently no ...Pathogenic mycobacteria pose a sustained threat to global human health. Recently, cytochrome complexes have gained interest as targets for antibiotic drug development. However, there is currently no structural information for the cytochrome complex from these pathogenic mycobacteria. Here, we report the structures of cytochrome alone (2.68 Å resolution) and in complex with clinical drug candidates Q203 (2.67 Å resolution) and TB47 (2.93 Å resolution) determined by single-particle cryo-electron microscopy. cytochrome forms a dimeric assembly with endogenous menaquinone/menaquinol bound at the quinone/quinol-binding pockets. We observe Q203 and TB47 bound at the quinol-binding site and stabilized by hydrogen bonds with the side chains of Thr and Glu, residues that are conserved across pathogenic mycobacteria. These high-resolution images provide a basis for the design of new mycobacterial cytochrome inhibitors that could be developed into broad-spectrum drugs to treat mycobacterial infections.
リンクElife / PubMed:34819223 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.67 - 2.93 Å
構造データ

30943

7e1v

EMDB-30943, PDB-7e1v:
Cryo-EM structure of apo hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

30944

7e1w

EMDB-30944, PDB-7e1w:
Cryo-EM structure of hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV in the presence of Q203
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

30945

7e1x

EMDB-30945, PDB-7e1x:
Cryo-EM structure of hybrid respiratory supercomplex consisting of Mycobacterium tuberculosis complexIII and Mycobacterium smegmatis complexIV in presence of TB47
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

化合物

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

ChemComp-HEA:
HEME-A

ChemComp-9Y0:
(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-HUU:
6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]piperidin-1-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide / Q-203

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-HV0:
5-methoxy-2-methyl-~{N}-[[4-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]piperidin-1-yl]phenyl]methyl]pyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carboxamide

由来
  • mycolicibacterium smegmatis mc2 51 (バクテリア)
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
  • mycobacterium smegmatis mc2 51 (バクテリア)
  • Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mycobacterium smegmatis / mycobacterium tuberculosis / complexIII / complexIV / electron transport / anti-TB drugs

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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