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タイトルCryo-EM structures of human GMPPA-GMPPB complex reveal how cells maintain GDP-mannose homeostasis.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 5, Page 1-12, Year 2021
掲載日2021年5月13日
著者Lvqin Zheng / Zhe Liu / Yan Wang / Fan Yang / Jinrui Wang / Wenjie Huang / Jiao Qin / Min Tian / Xiaotang Cai / Xiaohui Liu / Xianming Mo / Ning Gao / Da Jia /
PubMed 要旨GDP-mannose (GDP-Man) is a key metabolite essential for protein glycosylation and glycophosphatidylinositol anchor synthesis, and aberrant cellular GDP-Man levels have been associated with multiple ...GDP-mannose (GDP-Man) is a key metabolite essential for protein glycosylation and glycophosphatidylinositol anchor synthesis, and aberrant cellular GDP-Man levels have been associated with multiple human diseases. How cells maintain homeostasis of GDP-Man is unknown. Here, we report the cryo-EM structures of human GMPPA-GMPPB complex, the protein machinery responsible for GDP-Man synthesis, in complex with GDP-Man or GTP. Unexpectedly, we find that the catalytically inactive subunit GMPPA displays a much higher affinity to GDP-Man than the active subunit GMPPB and, subsequently, inhibits the catalytic activity of GMPPB through a unique C-terminal loop of GMPPA. Importantly, disruption of the interactions between GMPPA and GMPPB or the binding of GDP-Man to GMPPA in zebrafish leads to abnormal brain development and muscle abnormality, analogous to phenotypes observed in individuals carrying GMPPA or GMPPB mutations. We conclude that GMPPA acts as a cellular sensor to maintain mannose homeostasis through allosterically regulating GMPPB.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:33986552
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.4 Å
構造データ

30599

7d72

EMDB-30599, PDB-7d72:
Cryo-EM structures of human GMPPA/GMPPB complex bound to GDP-Mannose
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

30600

7d73

EMDB-30600, PDB-7d73:
Cryo-EM structure of GMPPA/GMPPB complex bound to GTP (State I)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

30601

7d74

EMDB-30601, PDB-7d74:
Cryo-EM structure of GMPPA/GMPPB complex bound to GTP (state II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-GDD:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / GDP-マンノ-ス

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE / GMPPA / GMPPB / gdp-mannose homeostasis / CELL CYCLE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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