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タイトルSplit conformation of Chaetomium thermophilum Hsp104 disaggregase.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 29, Issue 7, Page 721-730.e6, Year 2021
掲載日2021年7月1日
著者Yosuke Inoue / Yuya Hanazono / Kentaro Noi / Akihiro Kawamoto / Masato Kimatsuka / Ryuhei Harada / Kazuki Takeda / Ryoichi Kita / Natsuki Iwamasa / Kyoka Shibata / Keiichi Noguchi / Yasuteru Shigeta / Keiichi Namba / Teru Ogura / Kunio Miki / Kyosuke Shinohara / Masafumi Yohda /
PubMed 要旨Hsp104 and its bacterial homolog ClpB form hexameric ring structures and mediate protein disaggregation. The disaggregated polypeptide is thought to thread through the central channel of the ring. ...Hsp104 and its bacterial homolog ClpB form hexameric ring structures and mediate protein disaggregation. The disaggregated polypeptide is thought to thread through the central channel of the ring. However, the dynamic behavior of Hsp104 during disaggregation remains unclear. Here, we reported the stochastic conformational dynamics and a split conformation of Hsp104 disaggregase from Chaetomium thermophilum (CtHsp104) in the presence of ADP by X-ray crystallography, cryo-electron microscopy (EM), and high-speed atomic force microscopy (AFM). ADP-bound CtHsp104 assembles into a 6 left-handed spiral filament in the crystal structure at a resolution of 2.7 Å. The unit of the filament is a hexamer of the split spiral structure. In the cryo-EM images, staggered and split hexameric rings were observed. Further, high-speed AFM observations showed that a substrate addition enhanced the conformational change and increased the split structure's frequency. Our data suggest that split conformation is an off-pathway state of CtHsp104 during disaggregation.
リンクStructure / PubMed:33651974
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.701 - 6.2 Å
構造データ

30349

7cg3

EMDB-30349, PDB-7cg3:
Staggered ring conformation of CtHsp104 (Hsp104 from Chaetomium Thermophilum)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

EMDB-30352:
Split conformation 1 of CtHsp104 (Hsp104 from Chaetomium Thermophilum)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-30353:
Split conformation 2 of CtHsp104 (Hsp104 from Chaetomium Thermophilum)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

PDB-5zui:
Crystal Structure of HSP104 from Chaetomium thermophilum
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.701 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • chaetomium thermophilum (菌類)
  • chaetomium thermophilum var. coprophilum (菌類)
キーワードCHAPERONE / PROTEIN DISAGGREGASE / ATPASE / TWO-RING AAA PROTEIN / HELICAL FILAMENT / AAA+ ATPase / disaggregation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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