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タイトルPotent Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Identified by High-Throughput Single-Cell Sequencing of Convalescent Patients' B Cells.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 182, Issue 1, Page 73-84.e16, Year 2020
掲載日2020年7月9日
著者Yunlong Cao / Bin Su / Xianghua Guo / Wenjie Sun / Yongqiang Deng / Linlin Bao / Qinyu Zhu / Xu Zhang / Yinghui Zheng / Chenyang Geng / Xiaoran Chai / Runsheng He / Xiaofeng Li / Qi Lv / Hua Zhu / Wei Deng / Yanfeng Xu / Yanjun Wang / Luxin Qiao / Yafang Tan / Liyang Song / Guopeng Wang / Xiaoxia Du / Ning Gao / Jiangning Liu / Junyu Xiao / Xiao-Dong Su / Zongmin Du / Yingmei Feng / Chuan Qin / Chengfeng Qin / Ronghua Jin / X Sunney Xie /
PubMed 要旨The COVID-19 pandemic urgently needs therapeutic and prophylactic interventions. Here, we report the rapid identification of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies by high-throughput single-cell RNA and ...The COVID-19 pandemic urgently needs therapeutic and prophylactic interventions. Here, we report the rapid identification of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies by high-throughput single-cell RNA and VDJ sequencing of antigen-enriched B cells from 60 convalescent patients. From 8,558 antigen-binding IgG1 clonotypes, 14 potent neutralizing antibodies were identified, with the most potent one, BD-368-2, exhibiting an IC of 1.2 and 15 ng/mL against pseudotyped and authentic SARS-CoV-2, respectively. BD-368-2 also displayed strong therapeutic and prophylactic efficacy in SARS-CoV-2-infected hACE2-transgenic mice. Additionally, the 3.8 Å cryo-EM structure of a neutralizing antibody in complex with the spike-ectodomain trimer revealed the antibody's epitope overlaps with the ACE2 binding site. Moreover, we demonstrated that SARS-CoV-2-neutralizing antibodies could be directly selected based on similarities of their predicted CDR3 structures to those of SARS-CoV-neutralizing antibodies. Altogether, we showed that human neutralizing antibodies could be efficiently discovered by high-throughput single B cell sequencing in response to pandemic infectious diseases.
リンクCell / PubMed:32425270 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.84 Å
構造データ

30247

7byr

EMDB-30247, PDB-7byr:
BD23-Fab in complex with the S ectodomain trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • SARS coronavirus 2 (SARSコロナウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / antigen / RBD / neutralizing antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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