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Structure paper

タイトルEB1 interacts with outwardly curved and straight regions of the microtubule lattice.
ジャーナル・号・ページNat Cell Biol, Vol. 18, Issue 10, Page 1102-1108, Year 2016
掲載日2016年9月12日
著者Audrey Guesdon / Franck Bazile / Rubén M Buey / Renu Mohan / Solange Monier / Ruddi Rodríguez García / Morgane Angevin / Claire Heichette / Ralph Wieneke / Robert Tampé / Laurence Duchesne / Anna Akhmanova / Michel O Steinmetz / Denis Chrétien /
PubMed 要旨EB1 is a microtubule plus-end tracking protein that recognizes GTP-tubulin dimers in microtubules and thus represents a unique probe to investigate the architecture of the GTP cap of growing ...EB1 is a microtubule plus-end tracking protein that recognizes GTP-tubulin dimers in microtubules and thus represents a unique probe to investigate the architecture of the GTP cap of growing microtubule ends. Here, we conjugated EB1 to gold nanoparticles (EB1-gold) and imaged by cryo-electron tomography its interaction with dynamic microtubules assembled in vitro from purified tubulin. EB1-gold forms comets at the ends of microtubules assembled in the presence of GTP, and interacts with the outer surface of curved and straight tubulin sheets as well as closed regions of the microtubule lattice. Microtubules assembled in the presence of GTP, different GTP analogues or cell extracts display similarly curved sheets at their growing ends, which gradually straighten as their protofilament number increases until they close into a tube. Together, our data provide unique structural information on the interaction of EB1 with growing microtubule ends. They further offer insights into the conformational changes that tubulin dimers undergo during microtubule assembly and the architecture of the GTP-cap region.
リンクNat Cell Biol / PubMed:27617931
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-2912:
Cryo-electron tomograms of EB1 conjugated to gold nanoparticles, in interaction with growing microtubule ends
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2915:
Cryo-electron tomograms of EB1 conjugated to gold nanoparticles, in interaction with growing microtubule ends
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2916:
Cryo-electron tomograms of EB1 conjugated to gold nanoparticles, in interaction with growing microtubule ends
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2918:
Outwardly curved tubulin sheet at the tip of a growing microtubule
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2919:
End of a microtubule assembled in the presence of GMPCPP
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2920:
End of a microtubule assembled in the presence of GTP-gamma-S
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-2921:
End of a microtubule assembled in HeLa cytosol
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Sus scrofa (ブタ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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