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タイトルMolecular details of ruthenium red pore block in TRPV channels.
ジャーナル・号・ページEMBO Rep, Vol. 25, Issue 2, Page 506-523, Year 2024
掲載日2024年1月15日
著者Ruth A Pumroy / José J De Jesús-Pérez / Anna D Protopopova / Julia A Rocereta / Edwin C Fluck / Tabea Fricke / Bo-Hyun Lee / Tibor Rohacs / Andreas Leffler / Vera Moiseenkova-Bell /
PubMed 要旨Transient receptor potential vanilloid (TRPV) channels play a critical role in calcium homeostasis, pain sensation, immunological response, and cancer progression. TRPV channels are blocked by ...Transient receptor potential vanilloid (TRPV) channels play a critical role in calcium homeostasis, pain sensation, immunological response, and cancer progression. TRPV channels are blocked by ruthenium red (RR), a universal pore blocker for a wide array of cation channels. Here we use cryo-electron microscopy to reveal the molecular details of RR block in TRPV2 and TRPV5, members of the two TRPV subfamilies. In TRPV2 activated by 2-aminoethoxydiphenyl borate, RR is tightly coordinated in the open selectivity filter, blocking ion flow and preventing channel inactivation. In TRPV5 activated by phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate, RR blocks the selectivity filter and closes the lower gate through an interaction with polar residues in the pore vestibule. Together, our results provide a detailed understanding of TRPV subfamily pore block, the dynamic nature of the selectivity filter and allosteric communication between the selectivity filter and lower gate.
リンクEMBO Rep / PubMed:38225355 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.65 - 3.47 Å
構造データ

29046

8ffl

EMDB-29046, PDB-8ffl:
Wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to RR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

29047

8ffm

EMDB-29047, PDB-8ffm:
Wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to RR and 2-APB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

29048

8ffn

EMDB-29048, PDB-8ffn:
RR-bound wildtype rabbit TRPV5 in nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

29051

8ffq

EMDB-29051, PDB-8ffq:
Wildtype rabbit TRPV5 into nanodiscs in the presence of PI(4,5)P2 and ruthenium red
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

化合物

ChemComp-PEX:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

ChemComp-FZ4:
2-aminoethyl diphenylborinate / 2-APB

ChemComp-R2R:
ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-ERG:
ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPV2 / TRPV5 / TRP Channel / Ruthenium Red / 2-APB / PI(4 / 5)P2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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