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タイトルThe p97/VCP adaptor UBXD1 drives AAA+ remodeling and ring opening through multi-domain tethered interactions.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 12, Page 2009-2019, Year 2023
掲載日2023年11月9日
著者Julian R Braxton / Chad R Altobelli / Maxwell R Tucker / Eric Tse / Aye C Thwin / Michelle R Arkin / Daniel R Southworth /
PubMed 要旨p97, also known as valosin-containing protein, is an essential cytosolic AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) hexamer that unfolds substrate polypeptides to support protein ...p97, also known as valosin-containing protein, is an essential cytosolic AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) hexamer that unfolds substrate polypeptides to support protein homeostasis and macromolecular disassembly. Distinct sets of p97 adaptors guide cellular functions but their roles in direct control of the hexamer are unclear. The UBXD1 adaptor localizes with p97 in critical mitochondria and lysosome clearance pathways and contains multiple p97-interacting domains. Here we identify UBXD1 as a potent p97 ATPase inhibitor and report structures of intact human p97-UBXD1 complexes that reveal extensive UBXD1 contacts across p97 and an asymmetric remodeling of the hexamer. Conserved VIM, UBX and PUB domains tether adjacent protomers while a connecting strand forms an N-terminal domain lariat with a helix wedged at the interprotomer interface. An additional VIM-connecting helix binds along the second (D2) AAA+ domain. Together, these contacts split the hexamer into a ring-open conformation. Structures, mutagenesis and comparisons to other adaptors further reveal how adaptors containing conserved p97-remodeling motifs regulate p97 ATPase activity and structure.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:37945741 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.95 - 4.12 Å
構造データ

28982

8fcl

EMDB-28982, PDB-8fcl:
Cryo-EM structure of p97:UBXD1 closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

28983

8fcm

EMDB-28983: Cryo-EM structure of p97:UBXD1 open state (composite)
PDB-8fcm: Cryo-EM structure of p97:UBXD1 open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

28987

8fcn

EMDB-28987, PDB-8fcn:
Cryo-EM structure of p97:UBXD1 VIM-only state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

28988

8fco

EMDB-28988, PDB-8fco:
Cryo-EM structure of p97:UBXD1 meta state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

28989

8fcp

EMDB-28989, PDB-8fcp:
Cryo-EM structure of p97:UBXD1 para state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

28990

8fcq

EMDB-28990, PDB-8fcq:
Cryo-EM structure of p97:UBXD1 PUB-in state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

28991

8fcr

EMDB-28991, PDB-8fcr:
Cryo-EM structure of p97:UBXD1 H4-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.12 Å

28992

8fct

EMDB-28992, PDB-8fct:
Cryo-EM structure of p97:UBXD1 lariat mutant
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCHAPERONE / HYDROLASE / AAA+

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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