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タイトルmRNA-LNP HIV-1 trimer boosters elicit precursors to broad neutralizing antibodies.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 384, Issue 6697, Page eadk0582, Year 2024
掲載日2024年5月17日
著者Zhenfei Xie / Ying-Cing Lin / Jon M Steichen / Gabriel Ozorowski / Sven Kratochvil / Rashmi Ray / Jonathan L Torres / Alessia Liguori / Oleksandr Kalyuzhniy / Xuesong Wang / John E Warner / Stephanie R Weldon / Gordon A Dale / Kathrin H Kirsch / Usha Nair / Sabyasachi Baboo / Erik Georgeson / Yumiko Adachi / Michael Kubitz / Abigail M Jackson / Sara T Richey / Reid M Volk / Jeong Hyun Lee / Jolene K Diedrich / Thavaleak Prum / Samantha Falcone / Sunny Himansu / Andrea Carfi / John R Yates / James C Paulson / Devin Sok / Andrew B Ward / William R Schief / Facundo D Batista /
PubMed 要旨Germline-targeting (GT) HIV vaccine strategies are predicated on deriving broadly neutralizing antibodies (bnAbs) through multiple boost immunogens. However, as the recruitment of memory B cells ...Germline-targeting (GT) HIV vaccine strategies are predicated on deriving broadly neutralizing antibodies (bnAbs) through multiple boost immunogens. However, as the recruitment of memory B cells (MBCs) to germinal centers (GCs) is inefficient and may be derailed by serum antibody-induced epitope masking, driving further B cell receptor (BCR) modification in GC-experienced B cells after boosting poses a challenge. Using humanized immunoglobulin knockin mice, we found that GT protein trimer immunogen N332-GT5 could prime inferred-germline precursors to the V3-glycan-targeted bnAb BG18 and that B cells primed by N332-GT5 were effectively boosted by either of two novel protein immunogens designed to have minimum cross-reactivity with the off-target V1-binding responses. The delivery of the prime and boost immunogens as messenger RNA lipid nanoparticles (mRNA-LNPs) generated long-lasting GCs, somatic hypermutation, and affinity maturation and may be an effective tool in HIV vaccine development.
リンクScience / PubMed:38753770 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.14 - 30.0 Å
構造データ

EMDB-28937: N332-GT5 SOSIP in complex with V1V3 polyclonal Fabs isolated at day 42 from protein immunized wild type mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28938: N332-GT5 SOSIP in complex with V1V3 and base polyclonal Fabs isolated at day 16 from protein immunized BG18HCgl knock-in mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28939: N332-GT5 SOSIP in complex with V1V3 polyclonal Fabs isolated at day 42 from mRNA immunized wild type mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-28940: N332-GT5 SOSIP in complex with V1V3 polyclonal Fabs isolated at day 16 from mRNA immunized BG18HCgl knock-in mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

28941

8f92

EMDB-28941, PDB-8f92:
HIV Env BG505_MD39_B11 SOSIP boosting trimer in complex with B11_d77.7 mouse Fab and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

28942

8f9g

EMDB-28942, PDB-8f9g:
HIV Env germline targeting BG505_MD64_N332-GT5 SOSIP in complex with V3-glycan polyclonal Fab isolated from immunized BG18HCgl knock-in mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

28945

8f9m

EMDB-28945, PDB-8f9m:
HIV Env germline targeting BG505_MD64_N332-GT5 SOSIP in complex with V3-glycan polyclonal Fab isolated from immunized wild type mice, and NHP monoclonal Fab RM20A3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-29330: N332-GT5 SOSIP in complex with base polyclonal Fabs isolated at day 42 from protein immunized wild type mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-29333: N332-GT5 SOSIP in complex with base polyclonal Fabs isolated at day 42 from protein immunized BG18HCgl knock-in mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-29334: N332-GT5 SOSIP in complex with V1V3 polyclonal Fabs isolated at day 16 from mRNA immunized wild type mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-29335: N332-GT5 SOSIP in complex with V1V3 polyclonal Fabs isolated at day 42 from mRNA immunized BG18HCgl knock-in mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 30.0 Å

43190

8vfv

EMDB-43190, PDB-8vfv:
HIV Env BG505_MD39_B16 SOSIP boosting trimer in complex with B16_d77.5 mouse Fab and RM20A3 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43191: N332-GT5 SOSIP in complex with V1V3 polyclonal Fabs isolated at day 14 from N332-GT2 nanoparticle-immunized BG18HCgl knock-in mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-43192: N332-GT5 SOSIP in complex with V1V3 polyclonal Fabs isolated at day 15 from N332-GT5 nanoparticle-immunized BG18HCgl knock-in mice
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • synthetic construct (人工物)
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / mouse antibody / germline targeting / HIV-1 / vaccine design / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / polyclonal

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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