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タイトルSerotype-Specific Sugars Impact Structure but Not Functions of the Trimeric Autotransporter Adhesin EmaA of Aggregatibacter actinomycetemcomitans.
ジャーナル・号・ページJ Bacteriol, Vol. 204, Issue 12, Page e0021522, Year 2022
掲載日2022年12月20日
著者Gaoyan G Tang-Siegel / Michael Radermacher / Keith P Mintz / Teresa Ruiz /
PubMed 要旨The human oral pathobiont Aggregatibacter actinomycetemcomitans expresses multiple virulence factors, including the trimeric, extracellular matrix protein adhesin A (EmaA). The posttranslational ...The human oral pathobiont Aggregatibacter actinomycetemcomitans expresses multiple virulence factors, including the trimeric, extracellular matrix protein adhesin A (EmaA). The posttranslational modification of EmaA is proposed to be dependent on the sugars and enzymes associated with -polysaccharide (O-PS) synthesis of the lipopolysaccharide (LPS). This modification is important for the structure and function of this adhesin. To determine if the composition of the sugars alters structure and/or function, the prototypic 202-kDa protein was expressed in a non-serotype b, mutant strain. The transformed strain displayed EmaA adhesins similar in appearance to the prototypic adhesin as observed by two-dimensional (2D) electron microscopy of whole-mount negatively stained bacterial preparations. Biochemical analysis indicated that the protein monomers were posttranslationally modified. 3D electron tomographic reconstruction and structure analyses of the functional domain revealed three well-defined subdomains (SI, SII, and SIII) with a linker region between SII and SIII. Structural changes were observed in all three subdomains and the linker region of the adhesins synthesized compared with the known structure. These changes, however, did not affect the ability of the strain to bind collagen or form biofilms. The data suggest that changes in the composition of the glycan moiety alter the 3D structure of the molecule without negatively affecting the function(s) associated with this adhesin. The human oral pathogen A. actinomycetemcomitans is a causative agent of periodontal and several systemic diseases. EmaA is a trimeric autotransporter protein adhesin important for colonization by this pathobiont . This adhesin is modified with sugars associated with the -polysaccharide (O-PS), and the modification is mediated using the enzymes involved in lipopolysaccharide (LPS) biosynthesis. The interaction with collagen is not mediated by the specific binding between the glycans and collagen but is attributed to changes in the final quaternary structure necessary to maintain an active adhesin. In this study, we have determined that the composition of the sugars utilized in the posttranslational modification of this adhesin is exchangeable without compromising functional activities.
リンクJ Bacteriol / PubMed:36448790 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度13.8 - 18.5 Å
構造データ

EMDB-28834: EmaA (extracellular matrix protein adhesin A) of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype b strain expressed in a serotype a strain - Classification and subtomogram averaging - Class 3
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 13.8 Å

EMDB-28838: EmaA (extracellular matrix protein adhesin A) of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype b strain expressed in a serotype a strain - Classification and subtomogram averaging - Class 2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.5 Å

EMDB-28839: EmaA (extracellular matrix protein adhesin A) of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype b strain expressed in a serotype a strain - Classification and subtomogram averaging - Class 1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.2 Å

EMDB-28840: EmaA (extracellular matrix protein adhesin A) of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype b strain expressed in a serotype a strain - Classification and subtomogram averaging - Class 4
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.6 Å

EMDB-28841: EmaA (extracellular matrix protein adhesin A) of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype b strain expressed in a serotype a strain - Classification and subtomogram averaging - Class 5
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.5 Å

EMDB-28842: EmaA (extracellular matrix protein adhesin A) of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype b strain expressed in a serotype a strain - Classification and subtomogram averaging - Class 6
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.5 Å

EMDB-28843: EmaA (extracellular matrix protein adhesin A) of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype b strain expressed in a serotype a strain - Classification and subtomogram averaging - Class 7
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.9 Å

EMDB-28844: EmaA (extracellular matrix protein adhesin A) of Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotype b strain expressed in a serotype a strain - Classification and subtomogram averaging - Class 8
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.2 Å

由来
  • Aggregatibacter actinomycetemcomitans (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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