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Structure paper

タイトルMolecular insights into the regulation of constitutive activity by RNA editing of 5HT serotonin receptors.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 40, Issue 7, Page 111211, Year 2022
掲載日2022年8月16日
著者Ryan H Gumpper / Jonathan F Fay / Bryan L Roth /
PubMed 要旨RNA editing is a process by which post-transcriptional changes of mRNA nucleotides alter protein function through modification of the amino acid content. The 5HT serotonin receptor, which undergoes ...RNA editing is a process by which post-transcriptional changes of mRNA nucleotides alter protein function through modification of the amino acid content. The 5HT serotonin receptor, which undergoes 32 distinct RNA-editing events leading to 24 protein isoforms, is a notable example of this process. These 5HT isoforms display differences in constitutive activity, agonist/inverse agonist potencies, and efficacies. To elucidate the molecular mechanisms responsible for these effects of RNA editing, we present four active-state 5HT-transducer-coupled structures of three representative isoforms (INI, VGV, and VSV) with the selective drug lorcaserin (Belviq) and the classic psychedelic psilocin. We also provide a comprehensive analysis of agonist activation and constitutive activity across all 24 protein isoforms. Collectively, these findings reveal a unique hydrogen-bonding network located on intracellular loop 2 that is subject to RNA editing, which differentially affects GPCR constitutive and agonist signaling activities.
リンクCell Rep / PubMed:35977511 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.84 - 3.6 Å
構造データ

27633

8dpf

EMDB-27633, PDB-8dpf:
Cryo-EM structure of the 5HT2C receptor (INI isoform) bound to lorcaserin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

27634

8dpg

EMDB-27634, PDB-8dpg:
Cryo-EM structure of the 5HT2C receptor (INI isoform) bound to psilocin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

27635

8dph

EMDB-27635, PDB-8dph:
Cryo-EM structure of the 5HT2C receptor (VGV isoform) bound to lorcaserin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

27636

8dpi

EMDB-27636, PDB-8dpi:
Cryo-EM structure of the 5HT2C receptor (VSV isoform) bound to lorcaserin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-T4U:
(1R)-8-chloro-1-methyl-2,3,4,5-tetrahydro-1H-3-benzazepine / ロルカセリン / ロルカセリン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-91Q:
3-[2-(dimethylamino)ethyl]-1~{H}-indol-4-ol / プシロシン / alkaloid*YM / シロシン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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