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タイトルLong-primed germinal centres with enduring affinity maturation and clonal migration.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 609, Issue 7929, Page 998-991004, Year 2022
掲載日2022年9月21日
著者Jeong Hyun Lee / Henry J Sutton / Christopher A Cottrell / Ivy Phung / Gabriel Ozorowski / Leigh M Sewall / Rebecca Nedellec / Catherine Nakao / Murillo Silva / Sara T Richey / Jonathan L Torres / Wen-Hsin Lee / Erik Georgeson / Michael Kubitz / Sam Hodges / Tina-Marie Mullen / Yumiko Adachi / Kimberly M Cirelli / Amitinder Kaur / Carolina Allers / Marissa Fahlberg / Brooke F Grasperge / Jason P Dufour / Faith Schiro / Pyone P Aye / Oleksandr Kalyuzhniy / Alessia Liguori / Diane G Carnathan / Guido Silvestri / Xiaoying Shen / David C Montefiori / Ronald S Veazey / Andrew B Ward / Lars Hangartner / Dennis R Burton / Darrell J Irvine / William R Schief / Shane Crotty /
PubMed 要旨Germinal centres are the engines of antibody evolution. Here, using human immunodeficiency virus (HIV) Env protein immunogen priming in rhesus monkeys followed by a long period without further ...Germinal centres are the engines of antibody evolution. Here, using human immunodeficiency virus (HIV) Env protein immunogen priming in rhesus monkeys followed by a long period without further immunization, we demonstrate germinal centre B (B) cells that last for at least 6 months. A 186-fold increase in B cells was present by week 10 compared with conventional immunization. Single-cell transcriptional profiling showed that both light- and dark-zone germinal centre states were sustained. Antibody somatic hypermutation of B cells continued to accumulate throughout the 29-week priming period, with evidence of selective pressure. Env-binding B cells were still 49-fold above baseline at 29 weeks, which suggests that they could remain active for even longer periods of time. High titres of HIV-neutralizing antibodies were generated after a single booster immunization. Fully glycosylated HIV trimer protein is a complex antigen, posing considerable immunodominance challenges for B cells. Memory B cells generated under these long priming conditions had higher levels of antibody somatic hypermutation, and both memory B cells and antibodies were more likely to recognize non-immunodominant epitopes. Numerous B cell lineage phylogenies spanning more than the 6-month germinal centre period were identified, demonstrating continuous germinal centre activity and selection for at least 191 days with no further antigen exposure. A long-prime, slow-delivery (12 days) immunization approach holds promise for difficult vaccine targets and suggests that patience can have great value for tuning of germinal centres to maximize antibody responses.
リンクNature / PubMed:36131022 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度25.0 Å
構造データ

EMDB-27600: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.L614 wk13 base, N335/N289, V5/C3 and N611 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27601: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.K409 wk13 base, FP/gp41, V5/C3 and N611 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27602: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.K487 wk13 base, FP/gp41, and V5/C3 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27603: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DGT5 wk13 base, N335/N289, V1/V3 and V5/C3 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27604: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.K949 wk33 base, N335/N289, V1/V3, N611 and V5/C3 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27605: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.L282 wk33 base, N335/N289, FP/gp41 and V5/C3 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27607: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHHT wk33 base, FP/gp41 and V5/C3 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27608: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.DHID wk33 base, N355/N289 and V1/V3 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27609: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NJ78 wk13 V5/C3 and base epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27610: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NJ82 wk13 N611 and base epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27611: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NJ95 wk13 base epitope pAb
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27612: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NK05 wk13 base epitope pAb
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27614: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NJ79 wk13 base epitope pAb
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-27615: BG505 MD39 SOSIP in complex with Rh.NJ93 wk13 base and V5/C3 epitope pAbs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • Macaca mulatta (アカゲザル)
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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