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タイトルStructural snapshots of R-loop formation by a type I-C CRISPR Cascade.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 83, Issue 5, Page 746-758.e5, Year 2023
掲載日2023年3月2日
著者Roisin E O'Brien / Jack P K Bravo / Delisa Ramos / Grace N Hibshman / Jacquelyn T Wright / David W Taylor /
PubMed 要旨Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various ...Type I CRISPR-Cas systems employ multi-subunit Cascade effector complexes to target foreign nucleic acids for destruction. Here, we present structures of D. vulgaris type I-C Cascade at various stages of double-stranded (ds)DNA target capture, revealing mechanisms that underpin PAM recognition and Cascade allosteric activation. We uncover an interesting mechanism of non-target strand (NTS) DNA stabilization via stacking interactions with the "belly" subunits, securing the NTS in place. This "molecular seatbelt" mechanism facilitates efficient R-loop formation and prevents dsDNA reannealing. Additionally, we provide structural insights into how two anti-CRISPR (Acr) proteins utilize distinct strategies to achieve a shared mechanism of type I-C Cascade inhibition by blocking PAM scanning. These observations form a structural basis for directional R-loop formation and reveal how different Acr proteins have converged upon common molecular mechanisms to efficiently shut down CRISPR immunity.
リンクMol Cell / PubMed:36805026 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.1 Å
構造データ

27393

8dej

EMDB-27393, PDB-8dej:
D. vulgaris type I-C Cascade bound to dsDNA target
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

27402

8dex

EMDB-27402, PDB-8dex:
type I-C Cascade
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

27403

8dfa

EMDB-27403, PDB-8dfa:
type I-C Cascade bound to ssDNA target
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

27409

8dfo

EMDB-27409, PDB-8dfo:
type I-C Cascade bound to AcrIC4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

27412

8dfs

EMDB-27412, PDB-8dfs:
type I-C Cascade bound to AcrIF2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

由来
  • desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
  • desulfovibrio vulgaris str. hildenborough (バクテリア)
  • pseudomonas aeruginosa phage dms3mvir (ファージ)
  • casadabanvirus d3112 (ウイルス)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / type I-C Cascade / dsDNA bound / CRISPR / Cascade / type I-C / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / ssDNA target / anti-CRISPR / AcrIC4 / IF2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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