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Structure paper

タイトルMembrane phospholipids control gating of the mechanosensitive potassium leak channel TREK1.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1077, Year 2023
掲載日2023年2月25日
著者Philipp A M Schmidpeter / John T Petroff / Leila Khajoueinejad / Aboubacar Wague / Cheryl Frankfater / Wayland W L Cheng / Crina M Nimigean / Paul M Riegelhaupt /
PubMed 要旨Tandem pore domain (K2P) potassium channels modulate resting membrane potentials and shape cellular excitability. For the mechanosensitive subfamily of K2Ps, the composition of phospholipids within ...Tandem pore domain (K2P) potassium channels modulate resting membrane potentials and shape cellular excitability. For the mechanosensitive subfamily of K2Ps, the composition of phospholipids within the bilayer strongly influences channel activity. To examine the molecular details of K2P lipid modulation, we solved cryo-EM structures of the TREK1 K2P channel bound to either the anionic lipid phosphatidic acid (PA) or the zwitterionic lipid phosphatidylethanolamine (PE). At the extracellular face of TREK1, a PA lipid inserts its hydrocarbon tail into a pocket behind the selectivity filter, causing a structural rearrangement that recapitulates mutations and pharmacology known to activate TREK1. At the cytoplasmic face, PA and PE lipids compete to modulate the conformation of the TREK1 TM4 gating helix. Our findings demonstrate two distinct pathways by which anionic lipids enhance TREK1 activity and provide a framework for a model that integrates lipid gating with the effects of other mechanosensitive K2P modulators.
リンクNat Commun / PubMed:36841877 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.82 - 3.4 Å
構造データ

27386

8de7

EMDB-27386, PDB-8de7:
Cryo-EM structure of the zebrafish two pore domain K+ channel TREK1 (K2P2.1) in DDM detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

27387

8de8

EMDB-27387, PDB-8de8:
Cryo-EM structure of the zebrafish two pore domain K+ channel TREK1 (K2P2.1) in DDM/POPA mixed micelles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.82 Å

27388

8de9

EMDB-27388, PDB-8de9:
Cryo-EM structure of the zebrafish two pore domain K+ channel TREK1 (K2P2.1) in DDM/POPE mixed micelles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-D21:
(2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate

ChemComp-PEV:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / POPE, リン脂質*YM

由来
  • danio rerio (ゼブラフィッシュ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / K2P / K2P2.1 / TREK1 / TREK-1 / phospholipid / POPA / POPE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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