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タイトルIMM-BCP-01, a patient-derived anti-SARS-CoV-2 antibody cocktail, is active across variants of concern including Omicron BA.1 and BA.2.
ジャーナル・号・ページSci Immunol, Vol. 7, Issue 75, Page eabl9943, Year 2022
掲載日2022年9月9日
著者Pavel A Nikitin / Jillian M DiMuzio / John P Dowling / Nirja B Patel / Jamie L Bingaman-Steele / Baron C Heimbach / Noeleya Henriquez / Chris Nicolescu / Antonio Polley / Eden L Sikorski / Raymond J Howanski / Mitchell Nath / Halley Shukla / Suzanne M Scheaffer / James P Finn / Li-Fang Liang / Todd Smith / Nadia Storm / Lindsay G A McKay / Rebecca I Johnson / Lauren E Malsick / Anna N Honko / Anthony Griffiths / Michael S Diamond / Purnanand Sarma / Dennis H Geising / Michael J Morin / Matthew K Robinson /
PubMed 要旨Monoclonal antibodies are an efficacious therapy against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). However, rapid viral mutagenesis led to escape from most of these therapies, ...Monoclonal antibodies are an efficacious therapy against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). However, rapid viral mutagenesis led to escape from most of these therapies, outlining the need for an antibody cocktail with a broad neutralizing potency. Using an unbiased interrogation of the memory B cell repertoire of patients with convalescent COVID-19, we identified human antibodies with broad antiviral activity in vitro and efficacy in vivo against all tested SARS-CoV-2 variants of concern, including Delta and Omicron BA.1 and BA.2. Here, we describe an antibody cocktail, IMM-BCP-01, that consists of three patient-derived broadly neutralizing antibodies directed at nonoverlapping surfaces on the SARS-CoV-2 Spike protein. Two antibodies, IMM20184 and IMM20190, directly blocked Spike binding to the ACE2 receptor. Binding of the third antibody, IMM20253, to its cryptic epitope on the outer surface of RBD altered the conformation of the Spike Trimer, promoting the release of Spike monomers. These antibodies decreased Omicron SARS-CoV-2 infection in the lungs of Syrian golden hamsters in vivo and potently induced antiviral effector response in vitro, including phagocytosis, ADCC, and complement pathway activation. Our preclinical data demonstrated that the three-antibody cocktail IMM-BCP-01 could be a promising means for preventing or treating infection of SARS-CoV-2 variants of concern, including Omicron BA.1 and BA.2, in susceptible individuals.
リンクSci Immunol / PubMed:35771946 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.0 - 8.31 Å
構造データ

EMDB-27081: IMM20184 and IMM20253 Fabs in ternary complex with SARS-CoV-2 receptor binding domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-27192: IMM20253 Fab complex with Trimer Spike protein of SARS-CoV-2 virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.96 Å

EMDB-27193: IMM20253 Fab complex with Spike monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.01 Å

EMDB-27203: IMM20190 Fab complex with SARS-CoV-2 Spike Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.87 Å

EMDB-27204: IMM20184 Fab complex with SARS-CoV-2 Spike Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.31 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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