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タイトルStructural basis for non-canonical integrin engagement by Bordetella adenylate cyclase toxin.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 40, Issue 7, Page 111196, Year 2022
掲載日2022年8月16日
著者Jory A Goldsmith / Andrea M DiVenere / Jennifer A Maynard / Jason S McLellan /
PubMed 要旨Integrins are ubiquitous cell-surface heterodimers that are exploited by pathogens and toxins, including leukotoxins that target β integrins on phagocytes. The Bordetella adenylate cyclase toxin ...Integrins are ubiquitous cell-surface heterodimers that are exploited by pathogens and toxins, including leukotoxins that target β integrins on phagocytes. The Bordetella adenylate cyclase toxin (ACT) uses the αβ integrin as a receptor, but the structural basis for integrin binding and neutralization by antibodies is poorly understood. Here, we use cryoelectron microscopy to determine a 2.7 Å resolution structure of an ACT fragment bound to αβ. This structure reveals that ACT interacts with the headpiece and calf-2 of the α subunit in a non-canonical manner specific to bent, inactive αβ. Neutralizing antibody epitopes map to ACT residues involved in α binding, providing the basis for antibody-mediated attachment inhibition. Furthermore, binding to αβ positions the essential ACT acylation sites, which are conserved among toxins exported by type I secretion systems, at the cell membrane. These findings reveal a structural mechanism for integrin-mediated attachment and explain antibody-mediated neutralization of ACT intoxication.
リンクCell Rep / PubMed:35977491 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.1 Å
構造データ

EMDB-26738, PDB-7usl:
Integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclase toxin RTX751 and M1F5 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-26739, PDB-7usm:
Integrin alphaM/beta2 ectodomain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-27122: Global refinement for integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclase toxin RTX751 and M1F5 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-27123: Tailpiece local refinement for integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclase toxin RTX751 and M1F5 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-27124: Acylation domain local refinement for integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclase toxin RTX751 and M1F5 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-27125: Global refinement for integrin alphaM/beta2 ectodomain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-27126: Tailpiece local refinement for integrin alphaM/beta2 ectodomain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • bordetella pertussis (百日咳菌)
キーワードTOXIN / Receptor / Complex / Integrin / CELL ADHESION / Complement

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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