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タイトルA combination of potently neutralizing monoclonal antibodies isolated from an Indian convalescent donor protects against the SARS-CoV-2 Delta variant.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 18, Issue 4, Page e1010465, Year 2022
掲載日2022年4月28日
著者Nitin Hingankar / Suprit Deshpande / Payel Das / Zaigham Abbas Rizvi / Constantinos Kurt Wibmer / Poppy Mashilo / Mohammed Yousuf Ansari / Alison Burns / Shawn Barman / Fangzhu Zhao / Sohini Mukherjee / Jonathan L Torres / Souvick Chattopadhyay / Farha Mehdi / Jyoti Sutar / Deepak Kumar Rathore / Kamal Pargai / Janmejay Singh / Sudipta Sonar / Kamini Jakhar / Jyotsna Dandotiya / Sankar Bhattacharyya / Shailendra Mani / Sweety Samal / Savita Singh / Pallavi Kshetrapal / Ramachandran Thiruvengadam / Gaurav Batra / Guruprasad Medigeshi / Andrew B Ward / Shinjini Bhatnagar / Amit Awasthi / Devin Sok / Jayanta Bhattacharya /
PubMed 要旨Although efficacious vaccines have significantly reduced the morbidity and mortality of COVID-19, there remains an unmet medical need for treatment options, which monoclonal antibodies (mAbs) can ...Although efficacious vaccines have significantly reduced the morbidity and mortality of COVID-19, there remains an unmet medical need for treatment options, which monoclonal antibodies (mAbs) can potentially fill. This unmet need is exacerbated by the emergence and spread of SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that have shown some resistance to vaccine responses. Here we report the isolation of five neutralizing mAbs from an Indian convalescent donor, out of which two (THSC20.HVTR04 and THSC20.HVTR26) showed potent neutralization of SARS-CoV-2 VOCs at picomolar concentrations, including the Delta variant (B.1.617.2). One of these (THSC20.HVTR26) also retained activity against the Omicron variant. These two mAbs target non-overlapping epitopes on the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein and prevent virus attachment to its host receptor, human angiotensin converting enzyme-2 (hACE2). Furthermore, the mAb cocktail demonstrated protection against the Delta variant at low antibody doses when passively administered in the K18 hACE2 transgenic mice model, highlighting their potential as a cocktail for prophylactic and therapeutic applications. Developing the capacity to rapidly discover and develop mAbs effective against highly transmissible pathogens like coronaviruses at a local level, especially in a low- and middle-income country (LMIC) such as India, will enable prompt responses to future pandemics as an important component of global pandemic preparedness.
リンクPLoS Pathog / PubMed:35482816 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.8 - 26.0 Å
構造データ

EMDB-26467: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR04 (1 RBD up and 1 RDB down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-26470: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (1 RBD up, 1 RBD down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-26472: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (1 RBD up)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-26473: SARS-CoV-2 6P Mut7 in complex with Fab THSC20.HVTR26 (3 RBD down)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

PDB-7z0x:
THSC20.HVTR26 Fab bound to SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-7z0y:
THSC20.HVTR04 Fab bound to SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.95 Å

化合物

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / Spike / RBD / IMMUNOLOGY / IMMUNE SYSTEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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