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Structure paper

タイトルChikungunya virus assembly and budding visualized in situ using cryogenic electron tomography.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 7, Issue 8, Page 1270-1279, Year 2022
掲載日2022年6月30日
著者David Chmielewski / Michael F Schmid / Graham Simmons / Jing Jin / Wah Chiu /
PubMed 要旨Chikungunya virus (CHIKV) is a representative alphavirus causing debilitating arthritogenic disease in humans. Alphavirus particles assemble into two icosahedral layers: the glycoprotein spike shell ...Chikungunya virus (CHIKV) is a representative alphavirus causing debilitating arthritogenic disease in humans. Alphavirus particles assemble into two icosahedral layers: the glycoprotein spike shell embedded in a lipid envelope and the inner nucleocapsid (NC) core. In contrast to matrix-driven assembly of some enveloped viruses, the assembly/budding process of two-layered icosahedral particles remains poorly understood. Here we used cryogenic electron tomography (cryo-ET) to capture snapshots of the CHIKV assembly in infected human cells. Subvolume classification of the snapshots revealed 12 intermediates representing different stages of assembly at the plasma membrane. Further subtomogram average structures ranging from subnanometre to nanometre resolutions show that immature non-icosahedral NCs function as rough scaffolds to trigger icosahedral assembly of the spike lattice, which in turn progressively transforms the underlying NCs into icosahedral cores during budding. Further, analysis of CHIKV-infected cells treated with budding-inhibiting antibodies revealed wider spaces between spikes than in icosahedral spike lattice, suggesting that spacing spikes apart to prevent their lateral interactions prevents the plasma membrane from bending around the NC, thus blocking virus budding. These findings provide the molecular mechanisms for alphavirus assembly and antibody-mediated budding inhibition that provide valuable insights for the development of broad therapeutics targeting the assembly of icosahedral enveloped viruses.
リンクNat Microbiol / PubMed:35773421 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度23.0 Å
構造データ

EMDB-26448: Half-bud CHIKV assembly/budding intermediate from virus-infected human cells
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 23.0 Å

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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