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タイトルCryo-EM structures of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 spike.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 39, Issue 13, Page 111009, Year 2022
掲載日2022年6月28日
著者Victoria Stalls / Jared Lindenberger / Sophie M-C Gobeil / Rory Henderson / Rob Parks / Maggie Barr / Margaret Deyton / Mitchell Martin / Katarzyna Janowska / Xiao Huang / Aaron May / Micah Speakman / Esther Beaudoin / Bryan Kraft / Xiaozhi Lu / Robert J Edwards / Amanda Eaton / David C Montefiori / Wilton B Williams / Kevin O Saunders / Kevin Wiehe / Barton F Haynes / Priyamvada Acharya /
PubMed 要旨The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron BA.2 sub-lineage has gained in proportion relative to BA.1. Because spike (S) protein variations may underlie differences in ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron BA.2 sub-lineage has gained in proportion relative to BA.1. Because spike (S) protein variations may underlie differences in their pathobiology, here we determine cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the BA.2 S ectodomain and compare these with previously determined BA.1 S structures. BA.2 receptor-binding domain (RBD) mutations induce remodeling of the RBD structure, resulting in tighter packing and improved thermostability. Interprotomer RBD interactions are enhanced in the closed (or 3-RBD-down) BA.2 S, while the fusion peptide is less accessible to antibodies than in BA.1. Binding and pseudovirus neutralization assays reveal extensive immune evasion while defining epitopes of two outer RBD face-binding antibodies, DH1044 and DH1193, that neutralize both BA.1 and BA.2. Taken together, our results indicate that stabilization of the closed state through interprotomer RBD-RBD packing is a hallmark of the Omicron variant and show differences in key functional regions in the BA.1 and BA.2 S proteins.
リンクCell Rep / PubMed:35732171 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.31 - 3.98 Å
構造データ

26433

7ub0

EMDB-26433, PDB-7ub0:
SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 3-RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

26435

7ub5

EMDB-26435, PDB-7ub5:
SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 3-RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

26436

7ub6

EMDB-26436, PDB-7ub6:
SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 3-RBD down Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

EMDB-26643: SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 1.5-RBD up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.98 Å

EMDB-26644: SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 1-RBD-up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

EMDB-26647: SARS-CoV-2 Omicron-BA.2 1-RBD-up Spike Protein Trimer without the P986-P987 stabilizing mutations (S-GSAS-Omicron-BA.2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Omicron Spike protein / SARS-CoV-2 / variant of concern / 3-down / Omicron-BA.2 / BA.2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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