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タイトルA public antibody class recognizes an S2 epitope exposed on open conformations of SARS-CoV-2 spike.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 4539, Year 2022
掲載日2022年8月4日
著者Mathieu Claireaux / Tom G Caniels / Marlon de Gast / Julianna Han / Denise Guerra / Gius Kerster / Barbera D C van Schaik / Aldo Jongejan / Angela I Schriek / Marloes Grobben / Philip J M Brouwer / Karlijn van der Straten / Yoann Aldon / Joan Capella-Pujol / Jonne L Snitselaar / Wouter Olijhoek / Aafke Aartse / Mitch Brinkkemper / Ilja Bontjer / Judith A Burger / Meliawati Poniman / Tom P L Bijl / Jonathan L Torres / Jeffrey Copps / Isabel Cuella Martin / Steven W de Taeye / Godelieve J de Bree / Andrew B Ward / Kwinten Sliepen / Antoine H C van Kampen / Perry D Moerland / Rogier W Sanders / Marit J van Gils /
PubMed 要旨Delineating the origins and properties of antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection and vaccination is critical for understanding their benefits and potential shortcomings. Therefore, we ...Delineating the origins and properties of antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection and vaccination is critical for understanding their benefits and potential shortcomings. Therefore, we investigate the SARS-CoV-2 spike (S)-reactive B cell repertoire in unexposed individuals by flow cytometry and single-cell sequencing. We show that ∼82% of SARS-CoV-2 S-reactive B cells harbor a naive phenotype, which represents an unusually high fraction of total human naive B cells (∼0.1%). Approximately 10% of these naive S-reactive B cells share an IGHV1-69/IGKV3-11 B cell receptor pairing, an enrichment of 18-fold compared to the complete naive repertoire. Following SARS-CoV-2 infection, we report an average 37-fold enrichment of IGHV1-69/IGKV3-11 B cell receptor pairing in the S-reactive memory B cells compared to the unselected memory repertoire. This class of B cells targets a previously undefined non-neutralizing epitope on the S2 subunit that becomes exposed on S proteins used in approved vaccines when they transition away from the native pre-fusion state because of instability. These findings can help guide the improvement of SARS-CoV-2 vaccines.
リンクNat Commun / PubMed:35927266 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度13.12 - 18.5 Å
構造データ

EMDB-26217: Negative stain EM map of COVA1-07 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.5 Å

EMDB-26218: Negative stain EM map of COVA2-14 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-26219: Negative stain EM map of COVA2-18 mAb bound to the S2 domain of SARS-CoV-2 S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.12 Å

EMDB-26220: Negative stain EM map of the S2 domain of SARS-CoV-2 S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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