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タイトルStructural basis of AcrIF24 as an anti-CRISPR protein and transcriptional suppressor.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 18, Issue 12, Page 1417-1424, Year 2022
掲載日2022年9月26日
著者Indranil Arun Mukherjee / Clinton Gabel / Nicholas Noinaj / Joseph Bondy-Denomy / Leifu Chang /
PubMed 要旨Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure ...Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure and mechanism of AcrIF24, an Acr protein that inhibits the type I-F CRISPR-Cas system from Pseudomonas aeruginosa. AcrIF24 is a homodimer that associates with two copies of the surveillance complex (Csy) and prevents the hybridization between CRISPR RNA and target DNA. Furthermore, AcrIF24 functions as an anti-CRISPR-associated (Aca) protein to repress the transcription of the acrIF23-acrIF24 operon. Alone or in complex with Csy, AcrIF24 is capable of binding to the acrIF23-acrIF24 promoter DNA with nanomolar affinity. The structure of a Csy-AcrIF24-promoter DNA complex at 2.7 Å reveals the mechanism for transcriptional suppression. Our results reveal that AcrIF24 functions as an Acr-Aca fusion protein, and they extend understanding of the diverse mechanisms used by Acr proteins.
リンクNat Chem Biol / PubMed:36163386 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.6 Å
構造データ

25660

7t3j

EMDB-25660, PDB-7t3j:
Cryo-EM structure of Csy-AcrIF24
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

25661

7t3k

EMDB-25661, PDB-7t3k:
Cryo-EM structure of Csy-AcrIF24 dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

25662

7t3l

EMDB-25662, PDB-7t3l:
Cryo-EM structure of Csy-AcrIF24-DNA dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

25788

7taw

EMDB-25788, PDB-7taw:
Cryo-EM structure of the Csy-AcrIF24-promoter DNA dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

25789

7tax

EMDB-25789, PDB-7tax:
Cryo-EM structure of the Csy-AcrIF24-promoter DNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

由来
  • pseudomonas (バクテリア)
  • escherichia (バクテリア)
キーワードHYDROLASE/RNA / Csy / Cascade / CRISPR / anti-CRISPR / AcrIF24 / HYDROLASE-RNA complex / HYDROLASE/RNA/DNA / HYDROLASE-RNA-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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