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タイトルBroadly neutralizing antibodies target a haemagglutinin anchor epitope.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 602, Issue 7896, Page 314-320, Year 2022
掲載日2021年12月23日
著者Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Henry A Utset / Lei Li / Linda Yu-Ling Lan / Carole Henry / Christopher T Stamper / Meagan McMahon / George O'Dell / Monica L Fernández-Quintero / Alec W Freyn / Fatima Amanat / Olivia Stovicek / Lauren Gentles / Sara T Richey / Alba Torrents de la Peña / Victoria Rosado / Haley L Dugan / Nai-Ying Zheng / Micah E Tepora / Dalia J Bitar / Siriruk Changrob / Shirin Strohmeier / Min Huang / Adolfo García-Sastre / Klaus R Liedl / Jesse D Bloom / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Florian Krammer / Lynda Coughlan / Andrew B Ward / Patrick C Wilson /
PubMed 要旨Broadly neutralizing antibodies that target epitopes of haemagglutinin on the influenza virus have the potential to provide near universal protection against influenza virus infection. However, viral ...Broadly neutralizing antibodies that target epitopes of haemagglutinin on the influenza virus have the potential to provide near universal protection against influenza virus infection. However, viral mutants that escape broadly neutralizing antibodies have been reported. The identification of broadly neutralizing antibody classes that can neutralize viral escape mutants is critical for universal influenza virus vaccine design. Here we report a distinct class of broadly neutralizing antibodies that target a discrete membrane-proximal anchor epitope of the haemagglutinin stalk domain. Anchor epitope-targeting antibodies are broadly neutralizing across H1 viruses and can cross-react with H2 and H5 viruses that are a pandemic threat. Antibodies that target this anchor epitope utilize a highly restricted repertoire, which encodes two public binding motifs that make extensive contacts with conserved residues in the fusion peptide. Moreover, anchor epitope-targeting B cells are common in the human memory B cell repertoire and were recalled in humans by an oil-in-water adjuvanted chimeric haemagglutinin vaccine, which is a potential universal influenza virus vaccine. To maximize protection against seasonal and pandemic influenza viruses, vaccines should aim to boost this previously untapped source of broadly neutralizing antibodies that are widespread in the human memory B cell pool.
リンクNature / PubMed:34942633 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.38 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-25634:
Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4F04 binding the anchor epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25635:
Negative stain map of monoclonal Fab 241 IgA 2F04 binding the anchor epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25636:
Negative stain map of polyclonal Fab 236.7 binding the anchor and esterase epitopes of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25637:
Negative stain map of polyclonal Fab 236.7 binding the RBS epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25638:
Negative stain map of polyclonal Fab 236.14 binding an epitope on the top of the head of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25639:
Negative stain map of polyclonal Fab 236.14 binding the esterase epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25640:
Negative stain map of polycolonal Fab 236.14 binding the RBS epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25641:
Negative stain map of polyclonal Fab 236.14 binding the anchor epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25642:
Negative stain map of polyclonal Fab 241.7 binding the esterase epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25643:
Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the anchor epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25644:
Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the esterase epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25645:
Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding an epitope on the top of the head of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25646:
Negative stain map of polyclonal Fab 241.14 binding the RBS epitope of H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-25655, PDB-7t3d:
CryoEM map of anchor 222-1C06 Fab and lateral patch 2B05 Fab binding H1 HA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • influenza a virus (a/california/04/2009(h1n1)) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードViral Protein/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / anchor (錨) / antibodies (抗体) / influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / hemagglutinin (ヘマグルチニン) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Viral Protein-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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