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タイトルNucleosome recognition and DNA distortion by the Chd1 remodeler in a nucleotide-free state.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 2, Page 121-129, Year 2022
掲載日2022年2月16日
著者Ilana M Nodelman / Sayan Das / Anneliese M Faustino / Stephen D Fried / Gregory D Bowman / Jean-Paul Armache /
PubMed 要旨Chromatin remodelers are ATP-dependent enzymes that reorganize nucleosomes within all eukaryotic genomes. Here we report a complex of the Chd1 remodeler bound to a nucleosome in a nucleotide-free ...Chromatin remodelers are ATP-dependent enzymes that reorganize nucleosomes within all eukaryotic genomes. Here we report a complex of the Chd1 remodeler bound to a nucleosome in a nucleotide-free state, determined by cryo-EM to 2.3 Å resolution. The remodeler stimulates the nucleosome to absorb an additional nucleotide on each strand at two different locations: on the tracking strand within the ATPase binding site and on the guide strand one helical turn from the ATPase motor. Remarkably, the additional nucleotide on the tracking strand is associated with a local transformation toward an A-form geometry, explaining how sequential ratcheting of each DNA strand occurs. The structure also reveals a histone-binding motif, ChEx, which can block opposing remodelers on the nucleosome and may allow Chd1 to participate in histone reorganization during transcription.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:35173352 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 2.9 Å
構造データ

25479

7swy

7tn2

EMDB-25479: 2.3 A structure of the ATP-dependent chromatin remodeler Chd1 bound to the nucleosome in a nucleotide-free state
PDB-7swy: 2.6 A structure of a 40-601[TA-rich+1]-40 nucleosome
PDB-7tn2: Composite model of a Chd1-nucleosome complex in the nucleotide-free state derived from 2.3A and 2.7A Cryo-EM maps
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

EMDB-25480:
2.7 A structure of the ATP-dependent chromatin remodeler Chd1 bound to the nucleosome in a nucleotide-free state. This entry contains a better resolved DNA-binding domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-25481:
2.6 A structure of the nucleosome from a class without Chd1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-25483:
2.9 A structure of the nucleosome-bound ChEx, part of the chromatin remodeler Chd1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / CHD1 / chromatin remodeling / ATPase / DBD / nucleosome / remodeling / transcription / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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