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タイトルBenchmarking the ideal sample thickness in cryo-EM.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 118, Issue 49, Year 2021
掲載日2021年12月7日
著者Michael W Martynowycz / Max T B Clabbers / Johan Unge / Johan Hattne / Tamir Gonen /
PubMed 要旨The relationship between sample thickness and quality of data obtained is investigated by microcrystal electron diffraction (MicroED). Several electron microscopy (EM) grids containing proteinase K ...The relationship between sample thickness and quality of data obtained is investigated by microcrystal electron diffraction (MicroED). Several electron microscopy (EM) grids containing proteinase K microcrystals of similar sizes from the same crystallization batch were prepared. Each grid was transferred into a focused ion beam and a scanning electron microscope in which the crystals were then systematically thinned into lamellae between 95- and 1,650-nm thick. MicroED data were collected at either 120-, 200-, or 300-kV accelerating voltages. Lamellae thicknesses were expressed in multiples of the corresponding inelastic mean free path to allow the results from different acceleration voltages to be compared. The quality of the data and subsequently determined structures were assessed using standard crystallographic measures. Structures were reliably determined with similar quality from crystalline lamellae up to twice the inelastic mean free path. Lower resolution diffraction was observed at three times the mean free path for all three accelerating voltages, but the data quality was insufficient to yield structures. Finally, no coherent diffraction was observed from lamellae thicker than four times the calculated inelastic mean free path. This study benchmarks the ideal specimen thickness with implications for all cryo-EM methods.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:34873060 / PubMed Central
手法EM (電子線結晶学)
解像度1.85 - 2.9 Å
構造データ

EMDB-25456, PDB-7svy:
MicroED structure of proteinase K from a 130 nm thick lamella measured at 120 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25457, PDB-7svz:
MicroED structure of proteinase K from a 200 nm thick lamella measured at 120 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25458, PDB-7sw0:
MicroED structure of proteinase K from a 325 nm thick lamella measured at 120 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25459, PDB-7sw1:
MicroED structure of proteinase K from a 115 nm thick lamella measured at 200 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25460, PDB-7sw2:
MicroED structure of proteinase K from a 130 nm thick lamella measured at 200 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25461, PDB-7sw3:
MicroED structure of proteinase K from a 95 nm thick lamella measured at 200 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25462, PDB-7sw4:
MicroED structure of proteinase K from a 540 nm thick lamella measured at 200 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25463, PDB-7sw5:
MicroED structure of proteinase K from a 460 nm thick lamella measured at 200 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25464, PDB-7sw6:
MicroED structure of proteinase K from a 260 nm thick lamella measured at 200 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25465, PDB-7sw7:
MicroED structure of proteinase K from a 530 nm thick lamella measured at 200 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25466, PDB-7sw8:
MicroED structure of proteinase K from a 150 nm thick lamella measured at 300 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25467, PDB-7sw9:
MicroED structure of proteinase K from a 170 nm thick lamella measured at 300 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25468, PDB-7swa:
MicroED structure of proteinase K from a 320 nm thick lamella measured at 300 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25469, PDB-7swb:
MicroED structure of proteinase K from a 360 nm thick lamella measured at 300 kV
手法: EM (電子線結晶学)

EMDB-25470, PDB-7swc:
MicroED structure of proteinase K from a 550 nm thick lamella measured at 300 kV
手法: EM (電子線結晶学)

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • parengyodontium album (菌類)
キーワードHYDROLASE / Serine protease

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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